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RSS订阅转载 RNA-seq数据构成原理
转录组研究方法 定性 鉴定出所有表达的转录本定量 确定转录本各自的表达量 RNA-seq可以做什么 Level 1: 每个基因的表达量是多少Level 2: 有哪些转录本？有哪些可变剪切？是否会有一种方式的可变剪切产生的前体mRNA(isoform)，较为富集不同样本之间是否有表达量差异 RNA-seq之前的技术 Real-Time qRT-PCR(实时荧光定量PCR) 转录本定量测量金标准，准确率极高，类似于DNA的一代测序 通过对...
2022-03-01 12:09:23
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转载 RNA-seq测序方法
标签：磁珠 rRNA seq RNA 测序 mRNA 去除 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 RNA-seq测序方法 在测mRNA过程中，首先要去除rRNA。以人为例，在抽提的总RNA中，95%的RNA是rRNA，2%的RNA是mRNA，剩下的则是lncRNA、microRNA...
2022-03-01 12:04:54
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转载 测序数据量，测序深度和测序覆盖度
测序数据量： 常见的测序量概念有 M 和 G ，for example 10M 和 10G 解释： M 常用于描述reads 的数量。 例如 10M 就是 10 *10^6 条reads G 常用于描述这一批次测序共有的碱基数量。 例如 10G 就是10*10^9个碱基 M 和 G 之间的关系 比如说对于3G测序量的理解： 3G指有 5*10^9 个碱基，假如采取illumia...
2022-03-01 10:25:14
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转载 R-下载某一条通路的所有基因名字（KEGG）
一、确定目标通路 打开KEGG选择pathway，在搜索框前输入物种，框内填入关键词。 筛选结果显示仅有hsa04728符合我们的研究目的 二、下载hsa04728通路中的全部基因 ##1.安装R包KEGGREST 首次安装时电脑可能会显示与当前R语言版本不配，可以从bioconductor 的官网下载安装 if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") B
2022-02-26 12:36:23
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原创 【富集分析】
富集分析富集分析方法ORA与GAEA数据格式富集分析方法过表征分析 (over representation analysis, ORA)基因富集分析 (gene set enrichment analysis, GSEA）ORA与GAEA基因集的分析策略可以分成兩類: over-representation analysis (ORA)與gene-set enrichment analysis (GSEA)。這兩種方法最大的差別是，ORA會先經過篩選，挑出我們有興趣的基因，而GSEA則不經過篩選
2022-02-25 12:29:51
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转载 【关于微阵列芯片和RNA-seq的比较】
关于微阵列芯片和RNA-seq的比较转录组代表存在于细胞中RNA的全部类型，包括mRNA、rRNA、tRNA以及其它各种非编码RNA等。转录组是了解细胞过程的主要手段，微阵列（Microarray）和RNA-seq（RNA sequencing）是转录组分析中的两种主要技术。它们的主要区别在于，微阵列基于预先设计的标记探针与目标cDNA序列的杂交，而RNA-seq通过测序技术对cDNA链进行直接测序。微阵列微阵列取决于杂交探针，根据杂交信号强度定量基因相对表达水平。首先从样品中提取总RNA，然后构建
2022-02-10 20:15:30
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原创 初学LINUX
Use study notes made by MarkdownLinux入门第一步：学习了 【生信技能树】生信人应该这样学linux(更新至第14集)中的前7节（没有基础知识，绝大部分内容听不懂）。第二步：看了网友推荐的Linux基础课程 Linux操作系统零基础入门学习，原来虚拟机就是一个软件，且在虚拟机上可自行搭载linux系统，但对其中的Linux命令认识不够清晰。第三步：为了更清晰的认识Linux命令，学习了基因学苑的课程 生物信息分析平台搭建，准备明天下载虚拟机自己试试运行其中的命令。.
2022-01-19 21:30:01
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空空如也
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