测序深度和覆盖度（Sequencing depth and coverage）

总是跑数据，却对数据一无所知，这说不过去吧。

 

看几篇文章吧

Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic analyses（只讲二代）

Assembly of large genomes using second-generation sequencing（参考文献）

Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome assembly of small genomes using next generation sequencing data（二代最佳测序深度：50X）

Large Genome Assembly with PacBio Long Reads（已更新）（纯三代最少50X，二三代联合：任意深度，策略不同）

 

回答几个问题：

不同的测序（denovo组装、重测序、转录组、外显子、表观），各对数据的深度和覆盖度有什么要求？