ruby912的博客

Bioperl使用测序文件读入写出序列截取反向互补序列蛋白质翻译 测序文件读入写出 use Bio::SeqIO; use Bio::Seq; use Data::Dumper; #fasta $in = Bio::SeqIO->new(-file => "D:/test.fa", -format => 'Fasta', -alphabet =>"dna"); $out ...

Perl脚本练习 bioperl读入写出fasta 要求 根据序列ID，从fasta文件中提取目标序列并输出 数据 序列ID fasta文件 思路 以序列ID为键，构建哈希 用bioperl读入fasta，获得序列id 如果id存在于哈希中，输出序列 代码 die "perl $0 <id> <fa> <OUT>" unless(@ARGV==3); #$...

简介 时间：Larry Wall 1987 Practical Extraction and Reporting Language perl第三方包网站 学习书籍：Perl 语言入门（小骆驼） 生信领域需要对perl进行学习

eclipse环境搭建 Eclipse IDE for Eclipse Committers 用于代码测试编辑 优点：开源，集成 参考：组学大课题 java配置 eclipse需要java环境 windows的java配置方法 java查看 java -version where java eclipse配置perl 安装perl插件EPIC：help-eclipse marketplace-...

Perl进阶子程序sub编写命令行参数传递打印使用帮助perl调用系统命令perl中使用第三方包路径处理包Getopt::Long传递参数 子程序sub编写 子程序声明sub 子程序可以传入数组／哈希 默认变量@_ 用于传递参数 子程序调用& 变量的作用域：子程序中定义的变量作用域只能在子程序中调用，子程序可以调用全局变量 返回值return Perl 子程序(函数) #子程序示例...

perl脚本练习 要求 根据提供的ID，提取一个数据的子集输出到一个新的文件 数据 表达矩阵 目标基因ID 思路 目标基因按行循环读取，获得一个哈希，基因名为键 表达矩阵按行读取，提取基因名，判断是否存在哈希的键中，如果存在就输出这一行，没有就跳过 代码 open(IN, "D:/exp.txt") || die "$!"; open(INID, "D:/id.txt") || die "...

Perl脚本练习 要求 统计每个样本不同表达量区间的基因数量 数据 表达矩阵 思路 初始化一个哈希，用于计数 表达矩阵的一列为一个样本，对每列每个基因的表达量进行判断，并计数 代码 open(IN, "D:/exp.txt") || die "$!"; open(OUT, ">D:/out.txt") || die "$!"; my %stat =( "0.5-5"=>0, ...

正则表达式 通配符 表达式 描述 . 匹配除换行符以外的所有字符 x? 匹配0次／1次x字符串 x* x匹配>=0次 x+ x匹配>=1次 * 任何字符匹配>=0次 .+ 任何字符匹配>=1次 {m} 指定字符串匹配=m次 {m,n} 指定字符串匹配>=m 并<=n次 {m,} 指定字符串匹配>=m次 [...

Perl脚本练习 通过数组和哈希引用读取存储复杂数据 要求 gff文件，记录每个基因的名称、起始终止位置、染色体、转录本信息 数据 #注释行 分割：\t 9列：gff格式 思路 构建一个哈希，结构 my%gene = ( geneID => { 'location' => [chrs, start, end] 'transcripts' => [ { ...