宏基因组分析流程报错与解决

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VIP免费原创最新推荐文章于 2026-10-03 11:01:23 发布 3.2k 阅读 AI 写同款· GEO 优化 ›

EasyMetagenome易宏基因组——简单易用的宏基因组分析流程-来自刘永鑫团队的秘密武器官方教程详见 https://github.com/DerrickWood/kraken2/blob/master/docs/MANUAL.markdown本地构建最完整索引，自定义微生物数据库，如标准+真菌+原生动物+质粒+植物Perl版本不对常见问题：Perl版本不对，人工指定perl版本如下salmon手动安装和使用MetaWRAP分箱shorten_contig_names.py报错。阅读详情

前言：坑有时候就是这么出其不意，攻其不备?‍♀️

microbiome_helper流程报错

microbiome_helper宏基因组流程详细的流程参考：
microbiome_helper
宏基因组教程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

kneaddata质控

kneaddata质控是microbiome_helper宏基因组流程中的一部分

但是用microbime_helper提供的数据进行去宿主基因后，双端序列序列数不同(表格中倒数3、4列)，导致后续的megahit拼接无法进行

Sample	raw pair1	raw pair2	trimmed pair1	trimmed pair2	trimmed orphan1	trimmed orphan2	decontaminated Homo_sapiens pair1	decontaminated Homo_sapiens pair2	decontaminated Homo_sapiens orphan1	decontaminated Homo_sapiens orphan2	final pair1	final pair2	final orphan1	final orphan2
p136C_R1_kneaddata	75000	75000	65316	65316	5061	1635	1133	1083	122416	12591	1133	1083	122416	12591
p136N_R1_kneaddata	75000	75000	60548	60548	6048