宏基因组分析流程报错与解决

最新推荐文章于 2025-09-19 10:21:52 发布
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本文探讨了在宏基因组分析中遇到的kneaddata质控和metaphlan2流程的问题。在kneaddata质控阶段，由于双端序列数量不匹配导致的拼接问题，建议寻找替代软件。对于metaphlan_to_stamp.pl脚本，由于Perl语法问题和STAMP兼容性，可以选择不转换直接使用原始文件。在metaphlan2流程中，运行plot_res.py时的matplotlib库错误，可通过替换属性名解决。

宏基因组分析流程报错与解决

前言：坑有时候就是这么出其不意，攻其不备?‍♀️

microbiome_helper流程报错

microbiome_helper宏基因组流程详细的流程参考：
microbiome_helper
宏基因组教程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

kneaddata质控

kneaddata质控是microbiome_helper宏基因组流程中的一部分

但是用microbime_helper提供的数据进行去宿主基因后，双端序列序列数不同(表格中倒数3、4列)，导致后续的megahit拼接无法进行

Sample	raw pair1	raw pair2	trimmed pair1	trimmed pair2	trimmed orphan1	trimmed orphan2	decontaminated Homo_sapiens pair1	decontaminated Homo_sapiens pair2	decontaminated Homo_sapiens orphan1	decontaminated Homo_sapiens orphan2	final pair1	final pair2	final orphan1	final orphan2
p136C_R1_kneaddata	75000	75000	65316	65316	5061	1635	1133	1083	122416	12591	1133	1083	122416	12591
p136N_R1_kneaddata	75000	75000	60548	60548	6048
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