统计不同表达量区间的基因数量

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本文介绍使用Perl脚本统计基因表达矩阵中不同表达量区间基因数量的方法。通过对表达矩阵的列进行遍历，判断每个基因的表达量并归类计数。

Perl脚本练习

要求

统计每个样本不同表达量区间的基因数量

数据

表达矩阵
在这里插入图片描述

思路

初始化一个哈希，用于计数
表达矩阵的一列为一个样本，对每列每个基因的表达量进行判断，并计数

代码

open(IN, "D:/exp.txt") || die "$!";
open(OUT, ">D:/out.txt") || die "$!";

my %stat =(
	"0.5-5"=>0,
	"5-100"=>0,
	"100"=>0
);

while(my $line = <IN>){
	chomp $line;
	my @tmp = split(/\t/, $line);
	
	#第一个样本
	if ($tmp[1]>=0.5 and $tmp[1]<=5){
		$stat{"0.5-5"} ++;
	}
	if ($tmp[1]>=5 and $tmp[1]<=100){
		$stat{"5-100"} ++;
	}
	if ($tmp[1]>=100 ){
		$stat{"100"} ++;
	}
}

close(IN);

for my $k(keys %stat){
	print OUT "$k\t$stat{$k}\n";
}
close(OUT);