Perl进阶

根据网易云课程整理，禁转

子程序sub编写

• 子程序声明sub
• 子程序可以传入数组／哈希
• 默认变量@_ 用于传递参数
• 子程序调用&
• 变量的作用域：子程序中定义的变量作用域只能在子程序中调用，子程序可以调用全局变量
• 返回值return

Perl 子程序(函数)

#子程序示例
sub hello{
	my($name) = @_; 
	#传入的是一个数组 @_，列表上下文将数组第一个元素赋值给$name
	print "Hello $name !\n";	
}
&hello("Tom","Lucy"); 

sub hello1{
	print "Hello $_[0] !\n";
	#从数组@_中获取第一个元素，效果同上（不是$_老地方）
}
&hello1("Tom","Lucy"); 


#数组求和
sub sumNum{
	my@num=@_;
	my $sum = 0;
	for my$n(@num){
		$sum=$sum+$n;
	}
	return $sum;
}
my $all = &sumNum(1..5);
print "$all\n";

#哈希打印
sub show_hash{
	my %hash = @_;
	for my $k(keys %hash){
		print"$k: $hash{$k}\n";
	}
}
&show_hash({"name"=>"a", "number"="b"});

命令行参数传递

内置变量@ARGV
使用@ARGV传递参数可以使脚本更通用
数组：用于存储命令行里的字符串

open(IN, "$ARGV[0]") or die"$!";
open(OUT, "$ARGV[1]") or die "$!";

命令行：perl my_script.pl ./test.txt ./out.txt
注意：文件传入顺序必须对应

打印使用帮助

示例
die "perl $0 <in> <out>" unless(@ARGV == 2);
$0 特殊标量，脚本名
只有当传入参数为2个时，命令运行，否则die，并打印die后的字符串

perl调用系统命令

• system 可以批量调用系统命令
  也可以调用perl程序system("perl my_perl.pl");
  可以用``代替，如：`perl my_perl.pl`; 效果同上
  如果system里的命令正常退出，返回0；非正常退出返回错误信息
• glob 可以批量抓取一个目录中的文件，返回一个数组
  可以指定前缀glob(D:/1*)D盘下开头为1的文件
  可以指定后缀glob(D:/*fasta)D盘下结尾为fasta的文件
• 注意：最好写文件的绝对路径

数据：
在/home/perl_test/fasta_files/文件夹下有n个fasta文件，文件名为 编号.fasta
用于比对的参考序列 ref.fa
要求：
写一个perl脚本my_perl.pl，用blastall对n个fasta文件进行批量比对

my $dir = "/home/perl_test/";
my @files = glob("$dir/fasta_files/*fasta");

for my $i (@files){
	print "$i\n";  	#检查输入文件路径
	print "blastall -i $i -d $dir/blastdb/ref.fa -e 1e-10 -p blastp -m 8 -o $i.out\n";  	#检查命令行
	my $err = system("blastall -i $i -d $dir/blastdb/ref.fa -e 1e-10 -p blastp -m 8 -o $i.out");  	#调用系统命令
	
	if($err){
		print "$err\n";
	}		#如果有错误打印错误信息
}

命令行输入：perl my_perl.pl

perl中使用第三方包

在脚本开头调用包：use 包名 qw(变量名／方法名);

命令行安装示例：cpan Data::Dumper

use strict;
# 创建变量时必须用my进行声明

use Data::Dumper;
# 打印变量，比如哈希
print Dumper (\%hash);

use List::Util qw(sum max min);
#求数组和，最大值，最小值
my @num = (1..5);
my $sum_num = sum(@num);
print "$sum_num\n";

路径处理包

use FindBin qw($BIn $Script);
# $BIn，$Script为包中自带变量
# $Bin 存储脚本所在根目录
# $Script 存储脚本文件名
# 方便用于流程编写时调用同级目录中的脚本
print "\$Bin: $Bin\n";

use File::Basename qw(basename dirname);
# 处理环境路径
if (@ARGV>0){
	print "\$ARGV[0]: $ARGV[0]\n";
	my $bname = basename($ARGV[0]); #路径最后一个文件名／文件夹名
	print "basename: $bname\n";
	my $dname = dirname($ARGV[0]);
	print "dirname: $dname\n";
}

use Cwd qw(abs_path getcwd);
# getcwd 返回使用者使用的当前路径
my $present_work_dir = getcwd();
print "\$present_work_dir: $present_work_dir\n";

# abs_path 返回文件的绝对路径
my $absP = abs_path($ARGV[0]);
print "\$absP: $absP\n";

Getopt::Long传递参数

use strict;
use Geropt::Long;
use Data::Dumper;

my @libs = ();
my %flags = ();
my ($verbose, $all, $help, $test, $step, $type) = ();

GetOptions(
	'help!'	=> \$help,
	'step:i'	=> \$step,
	'type=s'	=> \$type,
	'lib=s'	=> \@libs,
	'flag=s'	=> \%flags,
	'test|t:s'	=> \$test,
	'all|everything|universe:s'	=> \$all,
);

# 'help!'	接有！的选项不接受变量（ -help 直接使用）
			只要命令行中出现了这个参数，就会默认是1，用来设置打开／关掉一个功能
# : 和 = 都可以接受字符串（s）、整数（i）、浮点（f）等类型的变量
# 'step:i'	接有：的选项可以接受缺省，0或者空字符串（比如-step 	那么$step的值为0）
# 'type=s'	接有=的选项不接受缺省（比如-type 	相当于没设置）
# 'lib=s'	如果相关联的变量是个数组，比如此处的@libs，那么选项可以多次出现，所有值将被追加进数组（-lib /test.txt -lib /test1.txt）
# 'flag=s'	如果相关量的变量是个哈希，那么选项接收一个键值对，并保存进哈希(-flag aa=1 -flag bb=1)
# 'test|t:s'	接有| 的选项表示可以将-test简写为-t
# 'all|everything|universe:s'	表示all everything universe都指向$all
#备注：GetOptions可以自动简化命令，所有选项可以被简写为唯一的最短字符串，如果首字母相同会加上第二字母来区分，效果跟写全相同（比如-help在命令行中可以写成-h）
#在匹配参数名的时候，GetOptions在缺省设置下会忽略大小写
				


sub USAGE{
	my $usage = <<"USAGE"; #注意<<，将下面的内容原样存在$usage中
	Usage:
	Options:
		-verbose		whether do somthing
		-help		note
		-step		note
		-type		note
		-lib		test \@ #因为是字符串，所以@需要转义
		-flag		test \%
		...
USAGE #到这里结束存储，注意USAGE顶格
	print $usage;
	exist;
}
&USAGE unless (!$help); 
#unless如果判断语句为false，执行（即：如果输入-help将打印帮助）
&USAGE unless (!$help and $type); 
#意思是$type里必须有值，如果没有输入值，也会打印帮助
$step||=1;
#||意思是如果前面的部分为false，那么变量赋值为1（即：如果$step没有输入值，那么默认赋值为1）注意一个bug：如果$step 0那么也会自动赋值为1


#测试代码
print "\$verbose :$verbose\n";
print "\$help:$help\n";
print "\$step:$step\n";
print "\@libs:@libs\n";
print "\%flags: ".Dumper(\%flags)."\n";
print "\$test:$test\n";
print "\$all:$all\n";