生信小博士的博客

三、直接在R安装目录下C:\Program Files\R\R-3.6.0\etc\Rprofile.site，找到Rprofile.site文件，打开该文件，找到下列语句。

4.此时import scanpy就运行成功了。

【代码】gsva全代码流程。

【代码】gsea分析。

【代码】r包安装4.2 卸载4.1 chb。

若p=1，则Phit的分母为基因集S中所有基因与性状的关联强度之和，基因集S中每个基因与该性状的关联都对该和进行标准化处理。S3：基因集S3非随机分布，但也并不在top or bottom呈现集中分布模式，ES值较高，但p值不显著。图例：①Phit= 基因集S中的加权和，Pmiss = 非基因集S中的加权和。S1：基因集S1主要分布在排序列表的top端，ES分值较高，p值显著；S2：基因集S2在排序列表中随机分布，ES值低，p值不显著；因此，富集分析的结果结果，要综合考虑p值及ES值两个指标。