生信小博士的博客

用于芯片表达矩阵和测序表达矩阵，对未知混合物和含有相近的细胞类型的表达矩阵的去卷积分析优于其他方法 (LLSR,LLSR,PERT,RLR,MMAD,DSA)。注意Cibersort结果的默认文件名为CIBERSORT-Results.txt，在同一文件夹下进行第二次运算会覆盖第一次得到的文件，建议在每一次运算之后对文件重命名。CIBERSORT同时提供R包和在线网页工具，可以对用户的表达矩阵进行非负矩阵分解后计算不同细胞类型的比例。网页版有LM22的参考数据集，只需要提供表达矩阵文件就可以了。

目前主流的免疫浸润计算方法是CIBERSORT和ssgsea，今天介绍CIBERSORT。

CIBERSORT这款软件利用反卷积的方法，利用单细胞RNA-seq的数据，提取特征后，反推Bulk-seq各类细胞成分所占比例。这款软件目前推出了CIBERSORTx，但是账号貌似有点难申请而这次我们着重介绍下CIBERSORT的R版本而CIBERSORT计算细胞组分的方法使用去卷积原理实现的，而且通常是线性去卷积正在上传…重新上传取消原理图。