生信小博士的博客

如果你仅仅是做了两个单细胞转录组样品，想合并这两个数据再后续分析，就面临着两个样品（处理前后的生物学差异）本身的批次效应（不同时间点取样，不同10x上机时间等等）。因为是单细胞，一个样品里面本身就有这成千上万个细胞，可以针对两个样品内部的某些具有不变属性的单细胞来作为锚定，从而比较好的合并两个样品的单细胞转录组数据。可以看到，两个分组是泾渭分明的，这可能是生物学差异，因为肿瘤样品就肯定跟正常组织不一样的啊，也有可能是批次效应。，但那样的去除是针对生物学差异与批次效应交叉的情况来去除。

老大在群里出的题，说感觉这个热图很诡异，然后中间我自己没有用boxplot查看数据的表达量，对于数据不能有正确的认识，导致一开始的deg的logFC都没有达到正负1的，最重要的是：1.是因为我知道什么情况下用log函数，然后我还在这里面错误的用了log函数；2.不能用[1:4,1:4]查看数据集机构；3.和函数的用处。老大帮助修改了代码，关于、和boxplot的，结果才清晰明了。

通过exprs函数获取表达矩阵后我们可以通过以下三种方法判断是否需要进行log2转换。