生信小博士的博客

conda

【代码】查看linux系统配置 查询Linux配置。

使用的是阿里云的ubuntu20系统，

【代码】Linux系统中docker安装 docker install in centos7.

在Linux服务器上，可以使用Singularity将Docker镜像转换为Singularity Image Format (SIF)文件。注意：在运行上述命令之前，请确保您已经安装了Singularity，并且已经在系统中加载了Singularity的环境变量。

Docker 【window】 pull慢，切换方法22.03 - 知乎 (zhihu.com)Docker 拉取镜像速度慢怎么破？ - 知乎 (zhihu.com)Docker 拉取镜像速度慢怎么破？ - 知乎

版本更安全，因为它仅允许该程序以其所有者的权限运行，而不允许它以执行者的权限运行。make编译过程中用到的或者下载下来的文件在哪 go下载的临时文件都在哪里呢 通常在go env GOPATH 路径下面。编译过程中产生的中间文件通常在编译命令执行的当前目录下的中间目录，具体目录名称和编译工具有关。它允许安装、升级和删除软件包。时，当它被执行时，它的权限将从它的所有者变为它的执行者。标记的程序，该程序仍将具有更高的权限，以便完成某些任务。时，该程序仅具有它的所有者的权限，即使它被普通用户执行。

删除 root用户下的 .condarc 就解决问题了。

【代码】04 conda 安装失败 conda很慢 conda安装很慢 centos7.9系统中Linux系统。

1、小括号、圆括号（）1.1 单小括号()命令组。括号中的命令将会新开一个子shell顺序执行，所以括号中的变量不能够被脚本余下的部分使用。括号中多个命令之间用分号隔开，最后一个命令可以没有分号，各命令和括 号之间不必有空格。 命令替换。等同于cmd，shell扫描一遍命令行，发现了$(cmd)结构，便将$(cmd)中的cmd执行一次，得到其标准输出，再将此输出放到原来命令。有些shell不支持，如tcsh。 初始化数组。如：array=(a b c d)。1.2 双小括号(())整数扩展

上不了网

docker run --helpdocker run [OPTIONS] IMAGE [COMMAND] [ARG...]docker run -itd imagename bin/bash-i, --interactive Keep STDIN open even if not attached-t, --tty Allocate a pseudo-TTY --ulimit u

进程是在 CPU 及内存中运行的程序代码，而每个进程可以创建一个或多个进程（父子进程）。查看进程方法：Linux进程管理ps auxps aux |grep docker 查看docker的进程命令buff/cache列占用过高 重启就解决问题buff/cache主要干啥来的？Linux具有先进的缓存机制，会针对dentry（用于VFS-虚拟文件系统，加速文件路径名到inode的转换）、buffercache（针对磁盘块的读，写）和 page cache（针对文

#查找文件内容修改发生在2天之内的文件find /var/log/hive/ -name "*" -mtime -2

docker push youngleel/ubuntu_for_veloctyo:ubuntu20.04 &

ubuntu完全卸载docker及再次安装卸载docker1.删除docker及安装时自动安装的所有包apt-get autoremove docker docker-ce docker-engine docker.io containerd runc2.查看docker是否卸载干净dpkg -l | grep docker dpkg -l |grep ^rc|awk '{print $2}' |sudo xargs dpkg -P # 删除无用的相关的配置文件3.删除没有删除的

方法一：在命令行终端输入命令：ps -aux | grep docker从输出的信息中看看docker守护进程的PID是多少，然后用命令：killall 进程名称# 或者 kill -9 进程PID值来杀死该进程。方法二：使用service、systemctl 命令关闭docker守护进程service docker stop# 或systemctl stop docker...

首先在Linux系统安装百度云这是我选择的版本，然后我们在控制台输入这句话：https://blog.youkuaiyun.com/weixin_40446557/article/details/104907561当前文件夹下wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.3.0-Linux-x86_64.sh然后安装当前文件夹下bash Anaconda3-5.3.0-Linux-x86_64.sh都按照默认来设置 全选yes创建

1.查看镜像iddocker ps -a2.登陆docker hubdocker login3.给想要上传的image打标签docker tag d77311627597 youngleel/vol1_ubutu:20.44.上传打好标签的镜像image 上传镜像 上传imagedocker push youngleel/vol1_ubutu:20.45.如何上传容器呢docker commit --help //查看commit帮助 -a 作

正在运行的容器：root@ecs-210833:~# docker psCONTAINER ID IMAGE COMMAND CREATED STATUS PORTS NAMES6a653d8ef8e8 d77311627597 "bin/bash" 2 hours ago Up 2 hours vol1_ubunturoot@ecs-210833:~# docker exec -it 6a653

**1.docker安装**https://www.runoob.com/docker/ubuntu-docker-install.html使用官方安装脚本自动安装安装命令如下：curl -fsSL https://get.docker.com | bash -s docker --mirror Aliyun也可以使用国内 daocloud 一键安装命令：curl -sSL https://get.daocloud.io/docker | sh2.查ubuntu版本号cat /etc

1.把我制作的docker文件变成docker镜像cat system.tar | docker import - ubuntu：20.4通过执行命令：docker imagesdocker run -it ubuntu：20.4 /bin/bash验证通过tar打包的镜像系统可用！2.docker ps -a 查看现有的镜像3.docker volume create volumeName 创建挂载卷docker volume create my_vol注：...

位置在 宿主机的 “/var/lib/docker/volumes/my_volume/_data”root@ecs-210833:~# docker volume create my_volumemy_volumeroot@ecs-210833:~# docker volume listDRIVER VOLUME NAMElocal my_vollocal my_volumeroot@ecs-210833:~# docker volume inspect my_vo

方式二、Docker数据卷什么是volume想要了解DockerVolume，首先我们需要知道Docker的文件系统是如何工作的。Docker镜像是由多个文件系统(只读层)叠加而成。当我们启动一个容器的时候，Docker会加载镜像层并在其上添加一个读写层。如果运行中的容器修改了现有的一个已存在的文件，那该文件将会从读写层下的只读层复制到读写层，该文件的只读版本仍然存在，只是已经被读写层中该文件的副本所隐藏。当删除Docker容器，并通过该镜像重新启动时，之前的更改将会丢失。在Docker中，只读

1.宿主机下载 我打包好的tar文件system.tar2.把压缩包变成镜像cat system.tar | docker import - ubuntu:20.4docker imagesdocker run -it ubuntu:20.4 bash验证通过tar打包的镜像系统可用！3.宿主机通过docker命令进入容器的 bin/bash进入容器的 root/yll 目录 在此目录下运行R, 产生的文件可以放在codetest文件夹下...

通过tar命令将现有的系统打包成docker容器，用于构建镜像文件https://blog.youkuaiyun.com/henni_719/article/details/81009449添加链接描述

options(“repos” = c(CRAN=“https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”)) install.packages(“devtools”, repos=“https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/”)

方法一使用Linux系统，先安装系统的基础库，再安装r-base及r包在Linux系统运行r方法二

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg2NDcxMzYwNg==&mid=2247483668&idx=1&sn=f4cc4f5ef37cc3fee189dc5d15bd57bd&chksm=ce646ffdf913e6eb3374eab75fb5230f81b410a68cb92260c9c1ab02f555ada5ec28cc18d7f5#rd

查看ubuntu的版本cat /etc/issuecat /etc/lsb-releasecat /etc/os-release首先登陆docker docker login然后在本地设定标签 docker tag ubuntu:17.10 username/ubuntu:17.10最后推送 docker push username/ubuntu:17.10Docker Hub目前 Docker 官方维护了一个公共仓库 Docker Hub，其中已经包括了数量超过 15,

安装docker之前对原生系统的要求 ：boost openmp安装docker然后进行下面的命令1.安装镜像nohup docker build -t mydockerfile . &确保xshell关闭 远程仍然运行nohup 命令 &例子：nohup docker build -t velocyto . &2.查看镜像 和所有容器docker ps -a3.1以root用户进入容器sudo docker exec -it -u root cc0e2e

https://www.docker.org.cn/book/docker/docer-save-changes-10.html保存对容器的修改当你对某一个容器做了修改之后（通过在容器中运行某一个命令），可以把对容器的修改保存下来，这样下次可以从保存后的最新状态运行该容器。docker中保存状态的过程称之为committing，它保存的新旧状态之间的区别，从而产生一个新的版本。1.没写清楚docker commit前需要停止容器，我安装完ping之后试了下ping www.baidu.com 然后 c

https://www.runoob.com/docker/docker-container-usage.html容器使用获取镜像如果我们本地没有 ubuntu 镜像，我们可以使用 docker pull 命令来载入 ubuntu 镜像：$ docker pull ubuntu启动容器以下命令使用 ubuntu 镜像启动一个容器，参数为以命令行模式进入该容器 查看所有容器的名称：1.查看容器名称docker ps -a2.重启容器[23:42:18]root@ecs-210833:15

在Linux下，如果你要执行的shell命令耗时特别长，并且：（1）你的网络不稳定，随时可能断网；或者（2）你在执行了shell命令之后必须要关闭终端软件（例如SecureCRT）。那么你就需要以脱离终端的方式在后台运行这个shell命令。方法如下：（1）输入命令：nohup 你的shell命令 &（2）回车，使终端回到shell命令行；（3）输入exit命令退出终端：exit（4）现在可以关闭你的终端软件了，等过足够的时间，让你的shell命令执行完了再上去看结果吧。其中，nohu

https://www.runoob.com/docker/docker-build-command.html使用当前目录的 Dockerfile 创建镜像，标签为 runoob/ubuntu:v1。-t 设置镜像的标签tagdocker build -t runoob/ubuntu:v1 .使用URL github.com/creack/docker-firefox 的 Dockerfile 创建镜像。docker build github.com/creack/docker-firefox

https://blog.youkuaiyun.com/beishanyingluo/article/details/107451921#sudo git clone https://github.com/velocyto-team/velocyto.R下载下来的东西在velocyto.r文件夹下

https://blog.youkuaiyun.com/u010953692/article/details/88845430标题ubuntu 命令行提示符 颜色1，系统版本2，修改 vim .bashrc1，系统版本# cat /etc/issueUbuntu 18.04.2 LTS \n \l122，修改 vim .bashrc修改 #PS1='KaTeX parse error: Expected '}', got 'EOF' at end of input: …ebian_chroo

**You need to have boost (e.g. sudo apt-get install libboost-dev) and openmp libraries installed. You can see detailed installation commands in the dockers/debian9/Dockerfile.**sudo apt-get install libomp-devsudo apt-get install libboost-devsudo apt-g

https://zhuanlan.zhihu.com/p/459607806Ubuntu 20.04（服务器版）安装 Anaconda3 记录，主要参考了链接：优快云_气泡水、下载 Anaconda进入 Ubuntu，自己新建下载路径，输入以下命令开始下载wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh**2. 安装 Anaconda**3.bas

https://www.runoob.com/docker/ubuntu-docker-install.htmlUbuntu Docker 安装Docker Engine-Community 支持以下的 Ubuntu 版本：Xenial 16.04 (LTS)Bionic 18.04 (LTS)Cosmic 18.10Disco 19.04其他更新的版本……Docker Engine - Community 支持上 x86_64（或 amd64）armhf，arm64，s390x （IBM