生信小博士的博客

F2 键在 RStudio 中可以直接查看函数源代码。不过有些函数又依赖其他函数，有必要的话还是需要跑一趟 GitHub 找到问题到底在哪个函数里。

我是前不久在园子里问过。对于大分子需加SDS增加转膜效率，所以你的125kd的用加SDS的好些。我个人感觉加后的确转膜的效率会提高。同意楼上的说法，好像SDS就是增加转膜的速度，但是SDS可以降低膜和蛋白的结合，所以，好像湿转的缓冲液就没有SDS。配方二：Tris 30.5g，甘氨酸 144g（与10X电泳液仅少10gSDS）配方一：Tris 58g，甘氨酸 29g，SDS 3.76g。均是用前10倍稀释，甲醇200ml/L。

BrdU 染色试剂盒包含通过流式细胞术来鉴定并检测细胞增殖所需的试剂和缓冲液。用 5-溴-2’-脱氧尿嘧啶核苷（BrdU）培养处于分裂周期的细胞。BrdU 是胸苷的一种合成胸腺嘧啶类似物，在有丝分裂的 S 期会掺入到新合成的基因组 DNA 中。随后进行 DNA 变性， 通过细胞染色来确定 BrdU 插入情况以及任何其他细胞表面和/或感兴趣的胞内目标物。一般注意事项请小心处理。产品含有甲醛。如有需要，可单独购买BrdU 单克隆荧光抗体（克隆号BU20A）。

某些特定的数据类型或结构可能在一个框架中有良好的支持，而在另一个框架中则不是。例如，Seurat和AnnData在处理稀疏矩阵或复杂的细胞分群信息时可能会有所不同。某些转换问题可能是由于软件中未被发现或尚未修复的bug所导致。：Seurat或AnnData的不同版本可能会引入新的功能或更改数据存储方式，导致转换工具无法正确处理最新或旧版格式的文件。：转换工具可能期望在源文件中存在特定的元数据信息。不管是在r中还是python中 ，只是数据的存储结构不同而已。但是数据本身没有变化。

原因，可能是你的代码有问题，或者数据太大导致栈空间不够了，可以调整参数，然后重新运行程序，参考https://stackoverflow.com/questions/14719349/error-c-stack-usage-is-too-close-to-the-limit。

【代码】msigdbr hallmarks gsea broad研究所。

【代码】python barplot 比例bili scanpy。

这个在第一部分已经说了方法，不做赘述。可以稍微提一下的是，使用assays(se)中有多个表达矩阵时，可通过中括号的方法进行指定，如assays(se)[[1]]或assay(se, 1)。R中SummarizedExperiment包的使用 - 知乎 (zhihu.com)获取rowData(), colData(), metadata()等矩阵。

slingshot

【代码】silicosis monocle2 fibroblast。

【代码】enrichments富集分析 findallmarkers的结果进行富集分析 小鼠。

488绿色546黄色647红色。

SPR WorkFlow Collection | sysPipe

【代码】cellchat_xfy_sepsis标准流程harmony。

这里介绍一下scanpy中常用的组件。

读取每个小文件的第一个read，将它们按照位置大小排序，选出最小的一个read，将该read写入输出文件中，并从对应的小文件中读取下一个read，并继续进行排序，重复此过程直到所有read都被排序。因此，在进行单细胞的scvelo分析时，通常需要对BAM文件进行排序，以确保后续的数据分析结果的准确性和可靠性。读取每个小文件的第一个read，将它们按照位置大小排序，选出最小的一个read，将该read写入输出文件中，并从对应的小文件中读取下一个read，并继续进行排序，重复此过程直到所有read都被排序。

关键字。

这将在bqueues -l的输出中查找字符串"230218989"，并打印出包含该字符串的行以及后面的50行。-A选项指定了要打印的后续行数。

alveolus of lunghttps://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/uberon/terms?iri=http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FUBERON_0002299LungMAP - Breath Search Pagehttps://www.lungmap.net/breath-search-page/?queries%5B%5D=gpx3&has_data=1

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Epithelial/Tumor: EPCAM,Keratin genes (KRT7, KRT8, KRT17), SPRR3;T cells: CD3E, CD3D, TRBC1/2, TRAC;Myeloid cells: LYZ, CD86, CD68, FCGR3A;B cells and plasma cells: CD79A/B, JCHAIN, IGKC,IGHG3;Endothelial cells: CLDN5, FLT1, CDH1, RAMP2;Fibroblasts: DCN, C

【代码】python清除所有变量_如何清空python的变量 注意缩进。

注意，使用rm() 函数后虽然会删除变量，但只是从R的工作环境中删除了这些变量，并没有在你的电脑储存空间中完全删除这些变量，所以这些变量还是会占用电脑内存空间的。版权声明：本文为优快云博主「猛狗哭泣」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。原文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Yann_YU/article/details/107543304。如果想完全删除，需要再用一次 gc() 函数，并且gc() 函数会report目前的内存使用情况。

【代码】超大数据集处理。

wget -chttps://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh...

Managing R and RStudio with condaHoping to help level out the steep learning curvehttps://astrobiomike.github.io/R/managing-r-and-rstudio-with-condaconda create -n r4.2.2conda install -c conda-forge r-base=4.2.2

conda

【代码】查看linux系统配置 查询Linux配置。

【代码】harmony 与seurat中的 SCT连用。

Compiled: 2022-01-11Source: vignettes/multimodal_vignette.RmdThe ability to make simultaneous measurements of multiple data types from the same cell, known as multimodal analysis, represents a new and exciting frontier for single-cell genomics. For example

【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作 - 简书 (jianshu.com)

【代码】标准流程surat subset_data allmerge。harmony yll

【代码】IPF gse70866 ipf phe 整合好的meta信息表达矩阵做lasso回归 缩减变量。

这个错误通常发生在 BEAM 函数的 progenitor_method 参数指定为一个长度大于 1 的向量时。progenitor_method 参数指定用于确定亚克隆的方式，可以设置为 “duplicate”、“expression” 或 “cluster” 中的一种，如果它是一个长度大于 1 的向量，则会出现上述错误。这将在 methods 向量中循环遍历三种方法，为每种方法运行 BEAM() 函数，并将结果存储在 results 列表中。

【代码】monocle使用sct整合数据integration还是rna中的counts数据 轨迹分析 拟时序。

您可以使用 crontab 来定时运行这个脚本，并将执行过程记录到 abc.log 文件中。crontab -e请将 /path/to/script.R 替换为脚本文件的实际路径，将 /path/to/abc.log 替换为记录日志的文件的实际路径。这将在每天凌晨4点执行脚本，并将执行过程记录到 abc.log 文件中。其中，">>" 表示将输出追加到文件的末尾，"2>&1" 表示将标准错误输出也重定向到文件中。

toGuoliang。

关掉r，重新打开 加载包即可。

【代码】RunHarmony() warning - Invalid name supplied, making object name syntactically valid。

conda_install(packages = "anndata") #在conda环境下安装anndata包。#reticulate::py_config() 单纯运行会安装失败 windows11。#只用第一次安装的时候运行 其他时候就不需要运行了。