（更新）复现Cell子刊图表：GSEA多组结果可视化函数

之前我们发布过一个函数(花里胡哨|GSEA结果展示新函数-gene rank-p.adjust-NES值展示)。关于GSEA的可视化。之前是微信群小伙伴告知的，因为是一篇审稿文章，所以没有列出参考，现在找到一篇Cell子刊，这也许就是出处：

（reference：Distinctive multicellular immunosuppressive hubs confer different intervention strategies for left- and right-sided colon cancers）

此外，小伙伴在使用过程中也发现了一些问题，主要是某些情况下会导致数据错误。基于此，以及这篇Cell子刊的文章，我们对函数进行了大的调整。第一：解决了小伙伴所说的问题。第二：区分了上下调，也就是NES是否大于0，用不同颜色表示。第三：仿照Cell子刊文章，增加一些注释，例如箭头等。第四：取消了气泡图，当然在函数中还是存在的，最终效果需要自己调整。函数参数如下：

看看效果吧：

#演示1-直接取前10term，修改下默认颜色
ks_plot_gsea(data = res,
             term = res@result$Description[1:10],
             labels_size=F,
             up_rankColor = '#C21B00',
             down_rankColor = "#2D8313")

image.png

#演示2-自定义terms,只有上调，默认颜色
ks_plot_gsea(data = res,
             term = c("GnRH secretion",
                      "Calcium signaling pathway",
                      "Coronavirus disease - COVID-19",
                      "Ras signaling pathway"),
             labels_size=F)

#演示3-随意选择需要展示的上下调结果，修改默认颜色
ks_plot_gsea(data = res,
             term = c("GnRH secretion",
                      "Calcium signaling pathway",
                      "Coronavirus disease - COVID-19",
                      "Ras signaling pathway",
                      "Herpes simplex virus 1 infection",
                      "Alcoholic liver disease"),
             labels_size=F,
             up_rankColor = '#C21B00',
             down_rankColor = "#2D8313")

这样这个函数就可以了.