dicom2nii

最新推荐文章于 2024-03-26 10:09:59 发布

深夜不安静，音乐听听而已

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文章标签： python

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/qq_40570751/article/details/134587193

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不知道为什么 ADNI突然只能下载dicom的数据了，所以要重新转一下,将dicom格式转成Nii

ref:https://blog.youkuaiyun.com/u014776464/article/details/106056942

可以直接用MRIcron这个软件进行转换，软件中自带了dcm2niix这个指令

先去下载软件：

https://www.nitrc.org/frs/?group_id=152

为了方便批处理，我下载了Linux的MRIcron，可以使用命令

dcm2niix -o 输出的文件夹路径 -f 输出文件名输出dicom文件夹名

最后的输出会自动在输出文件名后加nii

批处理python程序

import os

ADNI_dir = r'/data/ADNI/'
num = 0

for root, dirs, files in os.walk(ADNI_dir):
    if len(dirs) == 0:
        print("deepest path is ", root)
        num+=1
        cmd = 'dcm2niix -o /data/nii/ -f {} {}'.format(root.split(sep="/")[-4], root)
        os.system(cmd)

print("num of subject is", num)