Freesurfer7.3.2试行记录（1）

试批量处理3例被试脑sMRI图像，特此记录大致步骤。（代码语言：bash）

1、需安装：dcm2niix（转化图像格式）和 Parallel（批量处理）

原因：freesurfer软件需要使用recon--all命令处理.mgz后缀的文件，不能直接处理含有多个DICOM图像的文件，安装dcm2niix，将图像进行转换。

sudo apt-get install pigz dcm2niix
sudo apt-get install parallel

2、自定义SUBJECTS_DIR(即设置临时环境变量)

mkdir /home/用户名/Desktop/Subjects
export SUBJECTS_DIR=/home/用户名/Desktop/Subjects
export SUBJECTS_DIR=$(pwd)
echo $SUBJECTS_DIR

3、在Subjects目录下新建beishi_dcm文件夹,并将3个被试的dcm图像复制到新建beishi_dcm中

mkdir beishi_dcm

4、结合Parallel和dcm2niix把3例被试的图像一起转化成nii格式图像,并将转化的nii