RDKit|虚拟筛选与分子对接

虚拟筛选和分子对接是药物发现过程中至关重要的计算方法，用于预测小分子与生物靶点之间的相互作用。这些方法可以有效缩小候选化合物的范围，从而提高实验筛选的效率。RDKit 与其他工具（如AutoDock、Open Babel）结合，可以实现虚拟筛选和分子对接的完整流程。

1 虚拟筛选的概念

虚拟筛选是通过计算方法从化合物库中筛选出可能具有生物活性的小分子。这些小分子通常是通过与目标蛋白的结合能力或药效团模型匹配来选择的。虚拟筛选分为基于配体的筛选和基于结构的筛选：

• 基于配体的虚拟筛选：通过与已知活性化合物的相似性筛选潜在的活性分子。
• 基于结构的虚拟筛选：利用目标蛋白的三维结构筛选与其结合的潜在分子。

2 分子对接的概念

分子对接是通过模拟小分子（如药物分子）与蛋白质靶点的结合方式，预测其结合位点和结合模式。分子对接的结果可以用于评估分子与靶点之间的结合能，从而预测其生物活性。