ubuntu下R语言安装Seurat包

Seurat是基因表达数据的预处理中常用的包，安装过程如下：

如果是安装最新的4.0版本，可以直接使用remotes命令通过github链接安装：

remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "release/4.0.0")

如果remotes命令不可用，要先安装remotes包：

install.packages("remotes")

如果是安装2.3版本，则按照以下步骤：

首先安装devtools包：

install.packages("devtools")

然后使用devtools安装：

devtools::install_version(package = 'Seurat', version = package_version('2.3.0'))

此时有可能会报错：

packages 'multtest', 'SDMTools' are not available

可以看出是缺少 'multtest' 和 'SDMTools' 这两个包，需要分别安装。

multtest可以通过BiocManager安装, SDMTools通过remotes命令安装：

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("multtest")
remotes::install_version("SDMTools", "1.1-221")

安装完后再次执行devtools命令安装Seurat，可能又会报下面的错：