
R RStudio
努力干活还不粘人的小妖精
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centos 下 R 安装 devtools 报错:<stdin>:1:18: 致命错误:git2.h:没有那个文件或目录
devtools是R中的一个常用工具,可以使用 devtools::install_github() 命令来安装github上的一些包。首先直接通过安装命令进行安装:install.packages("devtools")此时可能会报错:<stdin>:1:18: 致命错误:git2.h:没有那个文件或目录这是由于缺少相关的依赖造成的,此时退出R,在终端下执行如下操作安装所需依赖:yum install libgit2-devyum -y install libcur原创 2021-01-15 09:47:55 · 1683 阅读 · 0 评论 -
R读取.rds文件
data <- readRDS("filename.rds")原创 2021-01-06 19:35:15 · 27881 阅读 · 0 评论 -
ubuntu下R语言安装Seurat包
Seurat是基因表达数据的预处理中常用的包,安装过程如下:如果是安装最新的4.0版本,可以直接使用remotes命令通过github链接安装:remotes::install_github("satijalab/seurat", ref = "release/4.0.0")如果remotes命令不可用,要先安装remotes包:install.packages("remotes")如果是安装2.3版本,则按照以下步骤:首先安装devtools包:install.packa原创 2020-12-17 15:55:57 · 5623 阅读 · 0 评论 -
R语言安装并使用Biobase包
通常在R中安装包时,可以直接在控制台调用install.package()函数进行安装,但Biobase包比较特殊,属于Bioconductor的一部分,直接使用该函数安装会失败,需要首先安装Bioconductor,有的地方说使用命令source("http://bioconductor.org/biocLite.R")可以安装,但我在安装过程中出现了以下报错:Error in download...原创 2019-03-11 22:29:44 · 12567 阅读 · 1 评论 -
R语言提取数据框data.frame的行名和列名
R语言中很多数据是data.frame的形式,在数据矩阵的基础上,上边加一行表示各列的列名,左侧加一行代表各行的行名,如果想要获取行名和列名的内容,只需用如下两个函数,假设数据变量为data,则rownames(data) # 返回行名colnames(data) # 返回列名以上两个函数会将行名和列名以list的形式返回...原创 2019-05-03 11:23:12 · 83807 阅读 · 0 评论 -
python一句话实现将普通标签转换成onehot标签: np.array([[1 if i == l else 0 for i in range(n_class)] for l in label])
实现方法如下:onehot_label = np.array([[1 if i == l else 0 for i in range(n_class)] for l in label])用一个简单的例子解释更加直观:label是训练数据集对应的标签数组,假设为:[0,0,1,1,2,2],n_class为总类别数,这里是3从后向前分析这句代码,分别取出label中的每一个标签作为l,i从...原创 2019-07-13 16:43:40 · 2678 阅读 · 0 评论