提取fasta格式文件中的指定多个序列

最新推荐文章于 2024-09-04 10:51:19 发布
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#python #生物信息学

输入文件1：背景fasta文件
输入文件2：目标序列id，以单列的形式
如：

seq1
seq2
seq3

下面是代码原文

import sys,re
def displayfq_f(f):
	dickf = {
   
   }
	for i in f:
		if re.match(">",i
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从一个很大的fasta文件提取序列名称含有特定字样的序列
a7789890的博客
05-18 2306
这是我导师给我的一个任务 从一个很大的fasta文件提取序列名称含有特定字样的序列，合成新的fasta文件 一开始一直想不到怎么去做，知道调用了split-fasta这个python库。 话不多说，上代码! (这是基于windows下的啊 打开pycharm copy好文件到项目目录 系统终端输入： pip install spilt-fasta 之后直接在命令行（系统终端命令行，不是python的） splitfasta 你要分割的fasta文件名.fasta 之后他会创建一个目录test_split
linux提取fasta文件的id,从大的fasta文件中提取特定的fasta序列
weixin_33220360的博客
05-14 1070
我想使用以下脚本从大的fasta文件中提取特定的fasta序列，但输出为空。从大的fasta文件中提取特定的fasta序列transcripts.txt文件包含我想从assembly.fasta到selected_transcripts.fasta导出的列表转录本ID(ID和序列)。 例如：transcripts.txt： Transcript_00004|5601Transcript_00005...
快速从fasta序列文件中提取指定序列的方法
青笋的博客
07-12 4620
假如我有一个fasta序列文件，里面有>开头的行是ID信息，之后的内容是序列信息，如果有成千上万条序列，如何从中找到需要的序列？extract_fasta_sequences 函数从输入的 FASTA 文件中提取指定 ID 的序列，并将它们写入到输出文件中。运行脚本后，指定 ID 的序列将被提取并保存到 output.fasta 文件中，你可以根据需要修改文件路径和目标 ID 列表。你可以使用 Python 脚本来处理 FASTA 文件，从中提取指定 ID 的序列并生成新文件。
从FASTA文件中批量提取指定序列【Python脚本】
twocanis的博客
12-08 1万+
文章目录前言一：读取含特定字符的序列并输出演示二：读到某一个字符之前的全部输出使用方法三：输出前n条序列使用方法总结 前言 背景：学测序流程的时候，做到mapping的时牛的基因组有两个多G，因为是在个人PC上初步学习，建立index实在太慢了，而且临时也没有现成的index。于是决定只挑基因组前十条染色体拿来练习（所以需要从基因组文件里选取序列，尝试自己用python写脚本处理）。python之前因为实在不聪明也就刚学到字典部分，借鉴了网上的一些内容整理了一下，写了几种情况关于利用python脚本提取f
[Python|生信]从Fasta文件出发获取序列的基本信息
F_zero_T_hero的博客
11-27 2359
背景 最近参加了个生信的面试，记录一下有意思的面试题。 题目描述 要求从提供的*.fasta文件出发： 获得序列的反向互补序列，并统计信息：序列条数，碱基总数，N50，N90，GC 含量。提取每条序列上 32bp-332bp、780bp-992bp 的序列。统计单碱基重复 4 次及以上的序列在每条序列上出现的次数。如 AAAAA 或者 TTTT 等 如 “AAATTTTTTTCCCCAAAAAAA”，结果如下： the 4th character T repeat 7 timesthe 11th ch
从fasta文件中批量提取序列
weixin_58269397的博客
07-11 959
下载faSomeRecords脚本。
云平台 | 如何根据序列ID提取fasta序列
最新发布
Igenebook的博客
09-04 685
右侧的工具介绍对fasta文件序列提取小工具的主要用途，使用方法以及结果解读做了详细的说明。在生物学研究中，我们常常需要提取某些关注的基因或者蛋白的序列，用于进一步的实验研究和分析。通过提取特定的核酸或蛋白序列，我们可以使用这些序列可以用于序列比对、进化分析和基因家族等等分析。当原始的fasta序列文件较大或者要提取的序列较多时，手动查找效率很低，基于此，我们开发了根据序列ID提取fasta里序列的小工具，以方便客户。等子模块，本着用户至上的理念，平台小工具将会持续更新维护，积极接受用户的反馈和意见。
根据ID从FASTA文件中批量提取序列【Python】
duoluka的博客
03-18 4841
当你有一个ID文件，该如何批量提取所对应的fasta序列？
Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(举例：sqlen＞1000)
WDPLAAA的博客
01-16 1040
Linux系统下，提取.fasta文件中序列长度＞n的序列(e.g. sqlen>1000)——awk命令
从fasta中根据序列坐标提取序列的四种方法（seqkit、seqtk、bedtools、gffread）
热门推荐
wanwan的博客
11-09 1万+
链接: 可以从fasta中提取基因序列的4款软件. 看到很好的有关根据坐标信息提取基因序列的总结，mark一下
Linux:根据基因ID从fasta文件中提取序列
weixin_49621901的博客
08-14 3094
Linux:根据基因ID从fasta文件中提取序列 faSomeRecords
FASTA序列格式说明
SHMILYRINGPULL的专栏
12-26 9285
fasta序列格式是blast组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用fasta序列格式，所以首先对fasta格式在做详细说明。 下面是一个来源于NCBI的fasta格式序列： >gi|187608668|ref|NM_001043364.2| Bombyx mori moricin (Mor), mRNA AAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATAT
java对象序列提取_如何使用带有awk语句的fasta头提取两种类型的序列
weixin_32797081的博客
03-02 196
我一直在运行一个名为genewise的程序，将核苷酸序列翻译成基因的蛋白质序列 . 输入包括来自许多样品的组装的核苷酸序列 . 为了解析genewise输出，我一直在使用以下命令选择fasta标头：for i in `ls`; do (cd "$i" && awk '/^>*/{flag=1;} /\/\// {flag=0}flag' out_genewise > o...
解决Java逐行读取带有行缩进的fasta文件
学术程稻属
03-23 1988
在生物信息领域读取fasta文件是重要的序列信息储存载体，分为开头注释和序列信息两部分。在上一篇博客中，小编已经分享了Java读取fasta文件的方法。详情请见：Java逐行读取fasta文件 上面提到的方法是通过逐行读取源文件，因此可以有效区分标签和序列。但是实际使用的时候由于fasta文件的来源网站不同，其源文件中会出现序列带有换行符的情况（如下图，其实每一段序列中间的每一行末尾都有“\n”分隔），这样的情况下用刚刚的代码就不灵了（一段序列会被逐行读取成多段序列）。我们需要进行一些预处理。 方法1：
linux提取fasta文件的id,FASTA序列文件处理一网打尽
weixin_39624873的博客
05-14 1814
推荐两个地方：地方一都是小脚本，但实用，大伙也可以自己练习写。地方二成熟软件SeqKit，也很实用。一、小脚本大家可以在这里下载以下脚本：https://github.com/jorvis/biocode/tree/master/fasta各脚本作用信息如下：|--append_to_fasta_header.py每个序列ID添加后缀|--check_for_embedded_fasta_he...
通过bed文件获取基因序列（fasta）
纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行！
10-12 6308
文章目录bedtools、getfastarefnote bedtools、getfasta ref bedtools getfasta doc note 安装： conda install bedtools 参考文件： 需要提前下载好fasta文件 最好有fai索引文件（bedtools也会自动生成） 语法： bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> 如： bedtools getfasta
【教程】如何使用BCFtools提取全基因组数据到芯片模拟数据？
qq_53947118的博客
06-30 2406
如果您使用的是Windows系统（至少Windows 10），操作这部分的内容建议下载解压Cygwin衍生的win10tools，并打开Cygwin.bat来在Windows模拟部分Linux系统环境。文末有win10tools的下载链接，如果失效，那么需从以下链接下翻找到Win10 Release Users来下载win10tools： WGS Extract Version 3 Beta | WGSExtract.github.iohttps://wgsextract.github.io/ 接着打开使用
Python蛋白质序列文件（.fasta）拆分
qq_48886435的博客
10-04 5571
Python蛋白质序列文件（.fasta）拆分前言目的代码总结 前言 这是小编的第一篇博客，也是一种尝试，主要记录在python应用中遇到的一些小问题，小编平时做的主要是DNA结合蛋白的识别与预测，需要借助多种软件进行特征提取，如PSI——BLAST，PSIpred等等，小编这次要解决的问题就是小编拿到的原始序列数据为一个fasta文件中包含多个序列，但PSIpred是一条一条跑，因此需要将其拆分 目的 首先给大家看一下小编的文件样式： 这是从某位大佬文献中获得的6个数据集，小编想要通过python编
将一个多序列的fasta文件中合并一个>开头的序列
07-27
要将一个多序列的fasta文件中合并一个以">"开头的序列，可以按照以下步骤进行操作： 1. 首先，找到fasta文件中以">"开头的目标序列的标题行和序列行。这可以通过查找文件中以">"开头的行来实现。 2. 将目标序列的标题行和序列行提取出来，并保存为一个新的fasta文件。 3. 如果需要合并多个fasta文件中的目标序列，可以重复上述步骤，将每个fasta文件中的目标序列提取出来，并添加到同一个新的fasta文件中。 请注意，合并fasta文件时，需要确保每个序列的标题行以">"开头，并且序列行没有换行符。另外，合并后的fasta文件应该符合fasta格式的规范。 希望这个回答对您有帮助！\[1\]\[2\] #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [一条命令实现fasta序列多行变单行](https://blog.youkuaiyun.com/weixin_44022515/article/details/104257520)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [C#，生信软件实践（03）——DNA数据库GenBank格式详解及转为FASTA序列格式的源代码](https://blog.youkuaiyun.com/beijinghorn/article/details/130487663)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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