python 处理snp的vcf文件,统计snp在基因的intron、exon还是上游、下游还是不在基因及基因附近
1、c处理vcf文件,初步统计snp位置位置信息有5种down_stream是gene下游2k以内,up_stream 是gene上游2k以内,gene_exon是snp在外显子内,gene_intron是gene在内含子内,uninfluncial是gene不在上诉所有区域SnpType.py内容:#这个脚本是用来看snp哪些是在基因中(分为exon和intron),哪些是在基因的上游、下游#最终输出结果为:scaffold position 位置 geneid#输入文件1:snpeff结
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2020-11-30 17:04:15 ·
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