获取染色体长度（bp）

最新推荐文章于 2024-08-30 17:07:06 发布

原创最新推荐文章于 2024-08-30 17:07:06 发布 · 3k 阅读

0 ·

CC 4.0 BY-SA版权

Python 专栏收录该内容

23 篇文章

订阅专栏

本文介绍了一种使用Python脚本从FASTA文件中计算特定染色体长度的方法。通过解析FASTA文件并匹配染色体ID，脚本能够准确地计算出目标染色体的碱基对数量。

有时候我们需要知道fasta文件的具体某条染色体的长度

#!usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
#coding=utf-8
import sys,re
t=sys.argv[1]#fasta文件
num=sys.argv[2]#染色体ID 比如第一条染色体 就输入 1
num=int(num)
nextnum=num+1
sca_line=0
f=open(t,"r")
flag=0
for line in f:
	if re.match(">HiC_scaffold_%d"%(num+1),line):
		flag=0
	if flag==1:
		sca_line+=len(line)-1
	if re.match(">HiC_scaffold_%d"%(num),line):
		flag=1
print ("HiC_scaffold_%d\t%dbp"%(num,sca_line))