rdkit中 logP, mr, TPSA, Labute ASA 讲解

logP

logP值指某物质在正辛醇（油）和水中的分配系数比值的对数值。反映了物质在油水两相中的分配情况。logP值越大，说明该物质越亲油，反之，越小，则越亲水，即水溶性越好。

TPSA  拓扑分子极性表面积

是常用于药物化学的一个参数，其定义为化合物内极性分子的总表面积，多为氧原子及氮原子，也包括与其相连的氢原子。在药物化学的应用中，极性表面积是评价药物在细胞内的可运输性质的描述指标。这一参数的大小与药物在人体内的小肠吸收量、Caco-2单层可透性及血脑屏障的穿透性有明显关联。一例子是当一分子的极性表面积大于1.4平方纳米时，其在细胞的穿透性就会变差。一种需穿越血脑屏障并作用于中枢神经系统的感受体上的药物，其极性表面积就不能大于0.6平方纳米。

Mr

相对分子质量的量符号为Mr.，单位为“1”。

相对原子质量（Ar） 是指以一个碳-12原子质量的1/12作为标准，任何一种原子的平均原子质量跟一个碳-12原子质量的1/12的比值，称为该原子的相对原子质量。原子量为质量单位，符号u，它定义为碳12原子质量的1/12。

 

 

rdkit.Chem.Crippen module

Atom-based calculation of LogP and MR using Crippen’s approach

Reference:

1. 1. Wildman and G. M. Crippen JCICS _39_ 868-873 (1999)

rdkit.Chem.Crippen.MolLogP(*x, **y)

Wildman-Crippen LogP value

Uses an atom-based scheme based on the values in the paper:

1. 1. Wildman and G. M. Crippen JCICS 39 868-873 (1999)

Arguments

• inMol: a molecule
• addHs: (optional) toggles adding of Hs to the molecule for the calculation. If true, hydrogens will be added to the molecule and used in the calculation.

rdkit.Chem.Crippen.MolMR(*x, **y)

Wildman-Crippen MR value

Uses an atom-based scheme based on the values in the paper:

1. 1. Wildman and G. M. Crippen JCICS 39 868-873 (1999)

Arguments

• inMol: a molecule
• addHs: (optional) toggles adding of Hs to the molecule for the calculation. If true, hydrogens will be added to the molecule and used in the calculation.