化学
Aistra
这个作者很懒,什么都没留下…
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2020-11-10
http://rdkit.chenzhaoqiang.com/mediaManual.html高亮原子和键的颜色 d2d.DrawMoleculefrom rdkit import Chemfrom rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2Dfrom io import BytesIOimport numpy as npfrom PIL import Image, ImageOpsdef _drawerToImage(d2d): try:转载 2020-11-10 09:38:59 · 333 阅读 · 0 评论 -
逆合成
1.Automated extraction of chemical synthesis actions from experimental proceduresA Python library with the action definition and handling as well as associated scripts for training the transformer model can be found on GitHub athttps://github.com/rxn4ch.原创 2020-10-22 17:29:02 · 502 阅读 · 0 评论 -
选定rdkit 安装版本
conda install -C rdkit rdkit=2019.09.3版本序列号在以下网址查看https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/rdkit/linux-64/原创 2020-03-21 18:51:41 · 4376 阅读 · 1 评论 -
在谷歌colab里装rdkit
!curl -Lo rdkit_installer.py https://git.io/fxiPZimport rdkit_installer%time rdkit_installer.install()import rdkit原创 2020-02-23 22:16:24 · 467 阅读 · 0 评论 -
smiles reaction 如何进行 Atom-mapping removal 及 canonicalization
from rdkit.Chem import rdChemReactionsfrom rdkit.Chem.rdChemReactions import RemoveMappingNumbersFromReactionsreaction = rdChemReactions.ReactionFromSmarts('[Br:1][c:2]1[cH:3][c:4]([C:11](=[O:12])...原创 2020-02-18 16:15:27 · 1044 阅读 · 0 评论 -
rdkit 不能显示2D分子图片
导入IPythonConsole即可,不需要额外操作。from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole原创 2020-02-18 12:31:11 · 988 阅读 · 2 评论 -
rdkit.Chem.rdMolDescriptors module
rdkit.Chem.rdMolDescriptors moduleModule containing functions to compute molecular descriptorsclassrdkit.Chem.rdMolDescriptors.AtomPairsParameters((object)arg1)→ None :Bases:Boost.Python.inst...转载 2019-11-23 15:22:08 · 2513 阅读 · 0 评论 -
rdkit中 logP, mr, TPSA, Labute ASA 讲解
logPlogP值指某物质在正辛醇(油)和水中的分配系数比值的对数值。反映了物质在油水两相中的分配情况。logP值越大,说明该物质越亲油,反之,越小,则越亲水,即水溶性越好。TPSA拓扑分子极性表面积是常用于药物化学的一个参数,其定义为化合物内极性分子的总表面积,多为氧原子及氮原子,也包括与其相连的氢原子。在药物化学的应用中,极性表面积是评价药物在细胞内的可运输性质的描述指标。这一...原创 2019-11-23 15:21:10 · 11265 阅读 · 0 评论
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