10、《合成DNA恶意篡改检测与新型签名方案》

《合成DNA恶意篡改检测与新型签名方案》

1. 标签近似匹配

在检测合成DNA的恶意篡改时，标签的准确匹配至关重要。对于BESN和EDSN标签的近似匹配，我们采用了特定的算法。
输入为FASTA文件的内容字符串，输出为BESN和EDSN标签这两个字符串。具体算法步骤如下：

输入: FASTA文件内容: 字符串
输出: BESN和EDSN标签: 2个字符串
1. begin = ACGCTTCGCA; end = GTATCCTATG /* 硬编码 */
2. revcomp = 输入字符串的反向互补串
3. 如果输入包含(begin和end)，则
4.     BESN = begin; EDSN = end
5. 否则，如果输入包含end但不包含begin，则
6.     EDSN = end; 将输入分割成长度为10的子字符串
7.     对每个子字符串执行以下操作
8.         计算与begin的得分; 存储每个子字符串及其得分，并按得分排序。
9.         如果有单个最高得分，则
10.            BESN = 得分最高的子字符串
11.        否则，如果有多个高得分，则
12.            计算每个子字符串到end的距离。
13.            BESN = 距离大于556的子字符串
14.            如果有多个距离大于556的对，则
15.                提醒用户提取标签失败。退出
16. 否则，如果输入包含begin但不包含end，则
17.     BESN = begin; 将输入分割成长度为10的子字符串
18.