单细胞亚群降维聚类分群

单细胞亚群降维聚类分群

大家好，这里是想做生信大恐龙🦖的生信小白，今天的暗杀目标是一个叫做‘降维聚类分析’的小boss，看完记得一键三连（点赞收藏＋评论）。文章参考微信公众号“生信技能树”，也学生信的小伙伴可以关注哦！

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前言

在单细胞和多细胞生物中，单个细胞之间的差异可以产生较大的功能影响。单细胞RNA测序方法揭示了组织组成、转录动态和基因之间的调控关系方面的新的生物学。不但如此，单细胞RNA测序可以指导细胞分类，更精确地确定细胞种类。

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一、数据准备

1.打开 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE173087网站。

2. 下载17.4Mb的http文件，保存至一个没有中文名称的路径。

二、实现分类（过程记录）

1.引入相关库

引入相关库代码如下：

library(Seurat) #引入单细胞数据的质量控制和分析包
library(data.table) #引入data.frame包的拓展

如果没有下载这些包的小伙伴，可以使用下列代码下载相关的R包：

install.packages('Seurat')
install.packages('data.frame')

下载好相关包之后，运行出现了版本不兼容的警告。

使用下列代码更新R语言版本：

install.package('installr') #最好RGui中操作
library(installr)
updateR()

更新之后，紧接着出现了报错了

大概的意思是要我们使用install.packages(‘R.utils’)安装’R.utils’。按照它的要求进行。运行下列代码即可进行：