1、序列数据挖掘：概念、应用与挑战

序列数据挖掘：概念、应用与挑战

1. 序列数据的示例与应用

序列数据在众多领域都有广泛应用，下面介绍一些常见的序列数据类型及其应用场景。

1.1 序列数据示例

• 生物序列 ：包括DNA、RNA和蛋白质序列，对于理解分子结构和功能、诊断和治疗疾病非常有用。
  • DNA序列 ：生物体的基因组通常编码在DNA中，DNA由四种核苷酸（腺嘌呤A、胞嘧啶C、鸟嘌呤G和胸腺嘧啶T）组成的长聚合物。DNA包含编码蛋白质序列的基因和非编码序列。例如，一段DNA序列可能是“GAATTCTCTGTAACACTAAGCTCTCTTCCTCAAAACCAGAGGTAGATAGA” 。
  • 蛋白质序列 ：蛋白质是由20种不同氨基酸组成的聚合物，基因转录成RNA，经过修饰后形成成熟的信使RNA（mRNA），mRNA再被核糖体翻译成相应蛋白质的氨基酸。20种氨基酸分别缩写为A、C、D等。例如，一段蛋白质序列可能是 “SSQIRQNYSTEVEAAVNRLVNLYLRASYTYLSLGFYFDRDDVALEGVCHFF” 。
  • RNA序列 ：由四种核苷酸（腺嘌呤A、鸟嘌呤G、胞嘧啶C和尿嘧啶U）组成，与DNA序列略有不同，尿嘧啶取代了胸腺嘧啶。
  • 生物序列数据分析问题 ：包括从DNA序列中识别基因和基因起始位点、识别内含子/外显子剪接位点、识别转录启动子等。