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RSS订阅原创 epitope3D: 精准预测蛋白表面的“抗原决定簇”
构象型B细胞表位是由空间相邻但序列不连续的氨基酸残基组成的抗原决定簇，其预测具有挑战性。epitope3D提出基于图结构特征的机器学习方法，将蛋白质表位建模为图并提取空间距离模式，提升识别准确性。该工具支持PDB文件上传或ID输入，提供三维交互式结果展示。研究发表于《Briefings in Bioinformatics》（2022），doi:10.1093/bib/bbab423。访问地址：https://biosig.lab.uq.edu.au/epitope3d/prediction。
2025-06-28 20:54:06
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原创 Moldina: 多配体分子对接新工具，兼具精准度与运行速度的双重突破
奥斯特拉瓦技术大学开发的新型分子对接算法Moldina解决了多配体同时对接的难题。该算法将粒子群优化集成到AutoDockVina框架中，在保持预测精度的同时，计算速度提升数百倍（单CPU比16CPU并行快100倍）。研究发现，Moldina在多配体对接时优于传统顺序方法，单配体对接表现同样出色，为药物发现和酶学研究提供了高效工具。开源地址：https://github.com/It4innovations/moldina-multiple-ligand-molecular-docking-over-
2025-06-28 20:51:55
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原创 使用高斯加速分子动力学模拟结合深度学习揭示MRGPRX1的独特“激活与变构调节机制”
北京工业大学团队通过GaMD模拟和深度学习揭示了MRGPRX1受体的激活与变构调节机制。研究发现，该受体具有独特的非激活构象，激动剂BAM8-22与变构调节剂ML382协同作用：BAM8-22引发正构口袋收缩，ML382则通过长短程双重路径增强结合并调节G蛋白结合位点，其中LLLF基序替代经典PIF基序发挥关键作用。该成果为靶向MRGPRX1的镇痛止痒药物设计提供了重要理论依据。DOI：10.1016/j.ijbiomac.2025.144815
2025-06-16 11:46:59
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原创 一键分析+绘图】分子动力学模拟动态互相关矩阵(DCCM)分析脚本
DCCM_plot.sh是一款自动化分析蛋白质分子动力学轨迹的工具，可计算残基间运动相关性并生成热图。该脚本需Ambertools环境支持，主要参数包括轨迹文件、残基范围、采样帧数等，输出CSV格式相关矩阵和TIFF格式热图。用户可通过调整参数实现局部区域分析或更改配色方案，适用于研究蛋白质构象变化和功能域协同运动。
2025-06-16 11:29:35
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原创 MD轨迹/拓扑格式互转
常见的分子动力学模拟软件有Gromacs、Amber、NAMD等。在对轨迹后处理过程中往往需要用到另外软件的某项分析功能，尤其是Gromacs这种开源软件，分析这一块做的很是不足，多数情况下都要借助AmberTools等工具的分析模块或其他分析脚本。这个时候轨迹/拓扑格式转换就变得十分有必要了。转换格式需要提前配置好parmed及mdtraj这两个程序包。同名公众号后台回复："convert" 自取程序包。
2025-06-16 11:27:03
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原创 CavityPlus: 北大团队研发的综合性蛋白质结合位点检测及功能分析网络服务器
CavityPlus是由北京大学团队开发的蛋白质结合位点分析平台，包含五大核心模块：CAVITY（结合位点检测）、CavPharmer（药效团生成）、CorrSite（变构位点预测）、CovCys（可成药半胱氨酸识别）和CavityMatch（口袋相似性筛选）。该平台整合了12万+高分辨率蛋白结构和AlphaFold预测数据，支持药物靶点识别、虚拟筛选、变构药物开发等应用场景。特别适用于变构药物、共价药物设计及药物再利用研究，为蛋白质功能注释和结构药物设计提供一站式解决方案。平台网址：http://w
2025-06-11 18:07:59
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原创 PocketSCP：蛋白质口袋动态时空拓扑可视化分析新方法
燕山大学团队开发了PocketSCP方法，突破传统蛋白质口袋动态研究局限。该方法以口袋衬里原子为基准，通过三维聚类和二维可视化技术，避免了结构对齐导致的误差。在GPX4蛋白案例中成功揭示了口袋稳定性、体积变化及相关性，并在AR蛋白和DHaA蛋白研究中发现了关键残基对口袋构象的调控机制。该方法为药物靶点识别和变构位点研究提供了新工具，相关成果发表于《Journal of Chemical Information and Modeling》，代码已开源。
2025-06-11 18:05:58
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原创 DeepUMQA-X：对Alphafold3预测的蛋白单链模型与复合物模型质量评估的高效解决方案
字数 1071，阅读大约需 5 分钟在蛋白质结构预测领域，随着 AlphaFold 等技术使预测精度大幅提升，蛋白质结构模型质量评估的重要性愈发凸显。它宛如严格 “质检员”，借助计算分析全面 “体检” 预测结构与真实结构的契合度。鉴于此，浙江工业大学的张贵军团队开发了Web工具。在高通量结构建模背景下，它聚焦蛋白质模型质量评估核心需求，为蛋白质单体及复合物结构的全维度质量评估提供精准可靠的自动化筛选方案，在药物研发、疾病机理研究、合成生物学等多领域意义重大，能有效推动相关研究进展。
2025-06-09 11:23:18
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原创 ParGaMD：加速分子动力学模拟的革新方法
ParGaMD 通过并行化增强采样，突破了传统 MD 模拟在大规模系统中的计算瓶颈，显著提升了热力学和动力学性质的解析效率。未来，ParGaMD 有望进一步推动跨尺度生物分子模拟的发展，加速罕见事件解析与复杂系统热力学表征，成为计算生物学领域的关键技术之一。
2025-06-09 11:21:48
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原创 DockThor: 免费的在线小分子“虚拟筛选”平台
DockThor-VS是巴西开发的免费开源虚拟筛选平台，采用柔性配体-刚性受体对接算法，支持蛋白质预调和辅酶建模，内置COVID-19靶点库和药物数据集。依托超级计算机，可高效处理2000个化合物的大规模筛选。使用流程包括蛋白/配体文件上传、参数设置（自定义或盲对接模式）及结果邮件通知。平台显著提升虚拟筛选效率，已应用于抗新冠药物研发等领域。
2025-05-28 19:55:04
444
原创 DeePNAP：一秒预测蛋白-DNA/蛋白-RNA结合强度
DeePNAP是一种基于机器学习的蛋白质-核酸结合预测工具，仅需输入蛋白和核酸序列即可快速预测结合亲和力（KD值）和突变自由能变化（ΔΔG）。该模型在14401个数据条目上训练，预测KD时平均皮尔逊相关系数达0.86-0.93，精度优于同类工具。支持DNA/RNA序列输入及多种突变格式分析（单点突变、缺失、多点突变等），计算过程仅需1秒。用户可通过在线平台http://14.139.174.41:8080/input_page 免费使用，结果包含KD、KA、ΔG和ΔΔG等关键参数解读。该成果发表于《Jour
2025-05-28 19:52:38
1122
原创 ReverseDock：基于分子对接的反向找靶
本文介绍了ReverseDock工具，这是一款用于反向找靶的分子对接工具。用户可以通过上传配体文件（.mol2格式）和选择目标蛋白进行对接。目标蛋白可以通过上传PDB文件或提交UniProt IDs进行AlphaFold预测，支持多个物种的蛋白预测。提交任务后，用户可实时查看任务进度，并在任务完成后获取对接结果。结果以表格形式展示，包含结合能数据，并支持3D可视化及结果下载。该工具为药物研发提供了便捷的反向找靶解决方案。
2025-05-23 10:59:26
751
原创 采用多维计算策略(分子动力学模拟+机器学习)，显著提升 α-半乳糖苷酶热稳定性
江南大学团队在《International Journal of Biological Macromolecules》发表研究，通过多维计算策略提升米曲霉α-半乳糖苷酶的热稳定性与催化效率。研究采用双策略框架：一是整合ABACUS2、PROSS等计算工具设计突变库，筛选出优势突变体A169P，显著提升热半衰期和催化效率；二是结合分子动力学与机器学习，筛选出E429I、N380L、T64P三个稳定变体，进一步优化酶性能。研究揭示了局部构象优化与疏水作用增强的关键机制，并通过底物特异性与动力学分析验证了突变体的
2025-05-23 10:55:41
1480
原创 分子动力学模拟揭示点突变对 hCFTR NBD1结构域热稳定性的影响
囊性纤维化（CF）是一种严重的遗传疾病，主要由CFTR氯离子通道的突变引起，特别是NBD1区域的突变。L467P和A559T是两种罕见的II类突变，它们显著降低了NBD1结构域的热稳定性，破坏了CFTR的正常功能。为了揭示这些突变的影响机制，研究人员利用分子动力学（MD）模拟技术，对包括野生型在内的多种NBD1构建体进行了微秒级别的模拟。结果显示，L467P和A559T突变增加了NBD1的波动性，导致α-螺旋结构丢失，蛋白结构稳定性下降。这些发现与实验数据一致，为开发针对这些突变的CF疗法提供了新的方向，未
2025-05-13 14:43:15
890
原创 推荐一种使用ChimeraX渲染蛋白-配体复合物的方法
本文介绍了在分子可视化软件中处理蛋白质和配体的步骤。首先，导入PDB文件，并通过命令行更改背景色为白色。接着，调整蛋白质的显示样式，包括启用柔光模式、轮廓线及设置其宽度，以及开启蛋白质表面显示并设置透明度和颜色。对于配体，通过快捷键选择并调整其显示样式。最后，选择配体所在链及其周围残基，并设置颜色。文章还提到了展示整体图和配体结合区域细节图的效果。
2025-05-13 14:41:35
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原创 深入了解 gmx_RRCS：计算原理、操作步骤及输出文件解析
本文详细介绍了gmx_RRCS工具的使用及其输出文件的含义。gmx_RRCS通过计算残基对之间的接触强度，提供了一种比传统布尔描述符更精确的蛋白质结构分析方法。文章首先解释了RRCS的计算原理，包括如何考虑不同残基对之间的重原子对，并介绍了其优势，如能捕捉侧链重排和局部接触变化。接着，文章提供了gmx_RRCS的安装和运行步骤，并详细解读了输出文件中的每一列数据，包括帧索引、残基标识符和RRCS得分。最后，文章还介绍了如何将输出文件转换为表格格式，以便于数据分析和绘图。通过本文，读者可以更全面地理解和使用g
2025-05-12 21:16:31
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原创 法国蒙彼利埃大学团队：运用元动力学模拟与马尔可夫状态模型解锁 G 蛋白偶联受体构象动态机制
G蛋白偶联受体（GPCRs）在生命科学中扮演着关键角色，涉及多种细胞信号传导过程，并且是许多药物的靶点。尽管已有超过1000个GPCRs结构被解析，但其激活机制仍不完全清楚。法国蒙彼利埃大学的研究团队采用了一种结合有偏和无偏分子动力学模拟与马尔可夫状态建模的创新计算策略，对生长激素促分泌素受体（GHSR1a）的构象景观进行了深入研究。他们通过主成分分析（PCA）和元动力学模拟，发现不同配体对GHSR1a的构象空间有显著影响，并构建了马尔可夫状态模型（MSMs）来精确描述受体的能量景观。研究不仅确认了受体的活
2025-05-12 21:12:39
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原创 PPI-ID: 德克萨斯大学研究团队最新款蛋白-蛋白互作(PPI)预测工具上线
PPI-ID（Protein-Protein Interaction Identifier）是由美国德克萨斯大学奥斯汀分校的Haley V. Goodwin和Nigel S. Atkinson开发的一款工具，旨在预测蛋白质间的潜在相互作用界面。该工具整合了ELM、3did、Interpro和DOMINE等数据库信息，通过映射蛋白质相互作用结构域和基序到分子结构上，筛选出可能相互作用的区域。PPI-ID还支持基于蛋白质序列的预测，特别是在使用AlphaFold-Multimer进行建模时，能有效识别适合的相互
2025-05-09 18:04:09
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原创 上交 × 复旦强强联合，开发 gmx_RRCS：精准探测分子模拟中的构象动态变化
gmx_RRCS是一款基于Python3.9开发的生物分子构象分析工具，整合了GROMACS的功能，采用残基-残基接触得分（RRCS）方法，能够量化残基间相互作用强度。该工具通过提取重原子坐标、矩阵运算和并行计算，精细捕捉生物分子的构象变化。gmx_RRCS在肽与受体相互作用、致癌热点残基构象动力学及核酸与小分子相互作用等研究中表现出色，为结构生物学和药物设计提供了强大支持。尽管在兼容性、分析类型和计算效率方面仍有提升空间，但其便捷的安装和使用方式（通过pip安装，设置拓扑和轨迹文件参数）使其成为生物分子研
2025-05-09 18:02:23
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原创 ProteinTools辅助探索蛋白稳定性、动态调控以及结构关系
这四个模块从微观相互作用到全局结构布局，提供了丰富的数据与可视化支持，可以帮助我们更深入地理解蛋白质的稳定性、功能调控及相互作用机制。Schmidt S;
2025-05-06 21:09:32
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原创 跨膜蛋白研究新利器：TmDet 4.0 网络服务器详解
TmDet 4.0 是一款全新升级的跨膜蛋白膜方向预测网络服务器。它的算法经过优化，采用模块化设计，运用 C++ 编写，并借助 Gemmi 和 PugiXML 等库。其核心算法基于几何方法，同时在多方面进行了改进，如使用新的权重计算目标函数，将二级结构元素视为向量等，还能处理弯曲膜定位问题。与其他服务器相比，TmDet 4.0 速度更快，且对不完整或低分辨率结构也能给出准确结果，还能提供每个结构元素的序列定位信息。
2025-05-06 21:07:32
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原创 Alphafold生成的众多模型中，我该选择哪个？
蛋白质结构预测一直是极为重要的领域。过去几年，AlphaFold2、AlphaFold3、RoseTTAFold 等 AI 工具的出现，彻底改写了蛋白质结构预测的剧本，如今，科研人员只需简单点击几下，就能生成一个看似完美的蛋白质三维模型，这大大提高了研究效率。是否存在更优的备选结构被我们遗漏？面对不同 AI 工具的预测结果，又该如何高效比较、合理筛选？别担心，今天要为大家介绍的主角 ——FoldScript，正是为解决这些核心痛点而生！FoldScript。
2025-04-28 12:47:33
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原创 CABS-flex 2.0：高效模拟蛋白质柔性的在线平台
在蛋白质结构功能研究中，动态柔性特性的理解至关重要。本文推荐一款高效、可靠的蛋白质柔性模拟工具 —— CABS-flex 2.0。CABS-flex 2.0 是一款专为蛋白质柔性快速模拟设计的建模工具，基于著名的CABS粗粒度建模框架开发。通过有效简化系统描述，CABS-flex 2.0 能在保持合理生物物理准确度的前提下，将蛋白质动态模拟的计算成本降低约三个数量级，大幅提升模拟效率。
2025-04-28 12:43:31
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原创 收藏！盘点蛋白“活性位点”预测的网页端工具
②综合多个预测算法（COFACTOR、TM-SITE、S-SITE等）结合结构、功能注释和进化信息，预测酶的功能位点和突变热区（hot spots）①输入结构即可预测；通过机器学习预测蛋白质的结合位点（binding pockets）基于结构的蛋白质配体结合位点预测工具（整合多个算法）通过序列保守性分析预测功能位点（常用于活性位点识别）②预测催化位点、稳定性影响位点等。识别蛋白质结构中的口袋（pockets）和活性位点。②可计算结合口袋体积和位置。使用深度学习方法预测蛋白的小分子结合位点。
2025-04-18 10:46:58
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原创 GeoFlow V2：首个全场景蛋白质大模型，抗体设计+binder生成+复合物结构预测(超越AF3和RFDiffusion)
GeoFlow-V2 性能表现出色。在蛋白质结构预测方面，抗体 - 抗原结构预测的 Top-1 DockQ 成功率达 45.19% ，超越众多对比方法（如AlphaFold 3, Protenix, Chai-1, Boltz），且约束条件能显著提升其性能；蛋白质 - 配体结构预测成功率为 77%；其轻量级变体在超快速抗体结构预测上，比 AlphaFold Multimer V2.3 快 150-250 倍，精度相当或更优。
2025-04-18 10:43:53
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原创 interfaceResidue：一款用于分析蛋白复合物“接触界面残基”的pymol插件
当我们使用AF3或其他结构预测工具获得蛋白复合物后，逃不掉的一步就是分析接触界面的残基互作，而分析互作的前提是要准确地识别出接触界面上的残基有哪些，如果手动找则太耗费精力而且也容易遗漏。本期向大家安利的这样一款pymol插件（即）可以快速找出界面残基。该插件使用来识别蛋白复合物中两个链之间的相互作用残基，比简单的距离法更准确。
2025-04-11 18:10:41
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原创 PharmMapper: 基于配体药效团的在线“反向钓靶”工具
本期为大家推荐一款实用的在线应用 ——，它能助力反向找靶。假如你手中有一个活性分子，却不清楚其作用靶点，借助 PharmMapper，就能找到一组潜在可能性较高的靶点。说到反向找靶，大家首先想到的可能是反向对接技术。然而，反向对接在找靶时，计算量往往较大。PharmMapper 另辟蹊径，采用药效团匹配的方式，大大加快了反向找靶的进程。药效团，是药物分子中对药物与受体（靶点）相互作用起关键作用的一组原子、基团及其空间排列。
2025-04-11 18:08:37
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原创 P2Rank网页端：预测蛋白结合口袋+vina分子对接
P2Rank 是一种基于机器学习的蛋白质口袋预测工具，用于识别蛋白质结构中的潜在配体结合位点。它采用了一种基于物理特征的打分方法，结合随机森林（Random Forest）机器学习模型，以提高口袋预测的精确度。该程序有在线工具，非常方便，而且网页端的工具将预测的口袋和vina分子对接联合，方便了后续的操作。
2025-04-01 23:20:01
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原创 浙大研究团队揭示电场调控5-HT1AR的分子机制
•研究仅模拟了特定强度的电场对5-HT1AR - 血清素复合物的影响，未涵盖更广泛的电场强度范围及其他相关因素，如不同离子浓度等对复合物的影响。使用同源建模构建非活性 5-HT1AR 结构，其准确性可能受模板结构和建模方法的限制，且该结构中离子锁的存在与否尚未明确。•首次揭示 5-HT1AR非活性和活性状态之间原子水平的差异，展示电场在调节 5-HT1AR - 配体复合物中的关键作用，为理解 GPCR 结构生物学提供新视角，有助于通过外部电场修饰 GPCR 构象，为相关药物设计提供理论指导。
2025-04-01 23:17:20
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原创 ChemBioServer: 一个在线“药物发现/再利用”的平台
算法以化合物指纹（compound fingerprints）之间的成对相似性作为输入，将它们视为潜在的代表性化合物（exemplars）。在构建网络时，用户需要选择相似性度量（Similarity Metric），并设定边的阈值（cutoff threshold），该阈值取值范围为 [0,1]，用于决定哪些化合物之间应该绘制连接。最终，网络图（graph）使用。主成分分析（PCA）：第一主成分（PCA1）与第二主成分（PCA2）的散点图。分子量（MW） 与 分配系数的对数值（logP） 之间的关系图。
2025-03-29 20:59:08
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原创 Swiss Dock：免费的在线分子对接工具（支持两种对接算法切换）
SwissDock是一款自2010年推出的免费分子对接网络服务，基于EADock DSS算法开发，用于预测靶标蛋白与小分子之间的相互作用。该平台致力于降低分子对接软件的使用门槛，使这一技术不仅限于传统的分子建模领域，还能惠及更广泛的研究人员，包括药物化学、生物医学等领域的非计算专家。SwissDock提供用户友好的在线界面，支持快速上传蛋白和小分子结构，自动完成对接计算，并可视化分析结果。其提供了两种对接算法的切换，分别是以及。前者后起之秀，后者经典老古董。
2025-03-29 20:57:19
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原创 illustrate：一款蛋白/核酸结构快速渲染为“卡通风格”的小工具
本期向大家介绍一款蛋白/核酸结构快速渲染（卡通风格）的小工具——。放心！本期完全不涉及代码，不折腾人，请放心食用。结构渲染效果示例如下：该小工具适用绘制蛋白或复合物整体轮廓，但不适合用来绘制残基侧链的相互作用。illustrate绘制的风格是我本人非常喜欢的“卡通风”。尽管Chimera也可以实现此功能，但毕竟还是要费些功夫的。illustrate则可以一键出图，丝滑~。
2025-03-22 20:17:06
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原创 PRODIGY: “不折腾人”的蛋白-蛋白/蛋白-小分子结合能计算工具
PRODIGY（全称为 PROtein binDIng enerGY prediction）是一种蛋白质结合能预测工具，可利用蛋白质-蛋白质复合物的三维结构来预测其结合亲和力。PRODIGY 利用一种高效的基于接触的方法，在估计结合自由能和解离常数的同时，还能深入揭示蛋白质相互作用的结构决定因素。通过将界面接触特性与非相互作用表面特征相结合，PRODIGY 能够做出可靠的预测，这对于理解分子间相互作用、指导治疗方案的开发以及设计蛋白质复合物至关重要。
2025-03-22 20:15:07
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原创 Gromacs模拟中的NVT,NPT分别是什么含义？一文给你讲透它...
是两种常见的分子动力学模拟系综（ensemble），它们分别表示不同的热力学条件和模拟目标。：系统的温度通过温度耦合方法（如Berendsen、V-rescale或Nose-Hoover）维持在目标温度。：系统的压力通过压力耦合方法（如Berendsen、Parrinello-Rahman）维持在目标压力。在GROMACS模拟中，通常先进行NVT平衡，再进行NPT生产模拟，以确保系统达到稳定的热力学状态。：模拟盒子的体积会根据压力变化而调整，以保持恒定的压力。：系统的温度通过温度耦合方法维持在目标温度。
2025-03-16 17:49:45
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原创 DockQ：一款评估蛋白对接接触界面质量的工具（安装+操作+参数解读）
•默认映射：DockQ 会尝试找到天然结构和模型中界面之间的最佳映射。对于同型二聚体，软件会报告具有最高 DockQ 分数的映射（如 AB -> AB 或 AB -> BA）。•完全映射：使用指定模型和天然链之间的完整映射。例如或。•部分映射：可以使用通配符进行部分映射。例如或。•限制搜索到天然界面的子集：使用或等限制搜索到特定的天然界面。
2025-03-16 17:45:29
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原创 “P-糖蛋白”底物排出机制的分子动力学模拟研究
这份研究揭示了 hP-gp 排出不同结构化合物的分子机制，为合理设计和开发更具选择性和有效性的 hP-gp 抑制剂提供理论依据，有助于克服肿瘤多药耐药问题。
2025-03-14 11:38:06
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原创 FEP-SPell-ABFE：一个自动化计算药物与大分子绝对结合自由能的工作流
•不足之处：未来需进一步整合先进的力场，拓展工作流程对更复杂生物系统（如膜蛋白）的适用性。•意义：FEP-SPell-ABFE 工作流程实现了 ABFE 计算的自动化，准确性高、可重复性强，且对用户干预需求少。它为药物发现提供了有价值的工具，有助于高效筛选和优先排序药物候选物，推动计算药物发现领域的发展。
2025-03-14 11:36:24
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原创 ESMFold对决AlphaFold：蛋白质-肽相互作用预测的新进展
•不足之处：许多生成的模型对接不正确，ESMFold 的对接准确性有待进一步提高。•意义：ESMFold 在蛋白质-肽对接中能产生可接受的模型，偶尔优于 AlphaFold 系列工具，且速度快，在高通量肽设计的一致性方法中有潜在价值；其利用序列嵌入和识别关键结合基序的能力，为蛋白质-肽对接研究提供了新方向，后续发展有望成为现有方法的有力补充，推动基于肽的治疗药物开发。
2025-03-12 23:25:29
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原创 收藏！使用FoldX对蛋白复合物接触界面的残基“扫描突变”
今天向大家介绍一款名为FoldX的学术免费软件，在它众多功能中，氨基酸扫描突变我认为是最实用的，今天向大家简单介绍一下。
2025-03-12 23:22:42
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原创 MD结合ADME分析揭示真菌分泌物与II型糖尿病之间的联系
本文通过 ADMET 分析、分子对接和分子动力学（MD）模拟，探究内生真菌产生的酚类化合物（PCs）作为 α- 葡萄糖苷酶抑制剂（AGIs）用于糖尿病管理的潜力。研究发现具有丁烯内酯骨架的 PCs，如甲基丁烯内酯 III（BUT）和曲霉内酯（ALD），有成为潜在 AGIs 的可能。•研究结果需体内实验进一步验证；研究仅基于计算模拟，缺乏实验数据支持化合物的实际效果。•为 2 型糖尿病治疗提供了潜在药物靶点和先导化合物；
2025-03-10 17:36:39
968
gromacs2020.4 windows编译版（支持GPU加速）
2022-10-21
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