CABS-flex 2.0：高效模拟蛋白质柔性的在线平台

在蛋白质结构功能研究中，动态柔性特性的理解至关重要。本文推荐一款高效、可靠的蛋白质柔性模拟工具 —— CABS-flex 2.0。

CABS-flex 2.0 是一款专为蛋白质柔性快速模拟设计的建模工具，基于著名的CABS粗粒度建模框架开发。通过有效简化系统描述，CABS-flex 2.0 能在保持合理生物物理准确度的前提下，将蛋白质动态模拟的计算成本降低约三个数量级，大幅提升模拟效率。研究表明，CABS-flex获得的蛋白质近原生构象动态，与经典的全原子分子动力学（MD）模拟（包括多种主流力场下10纳秒尺度模拟）的结果高度一致。此外，CABS-flex预测的残基波动性与NMR实验数据同样表现出良好的一致性。

主要功能与应用

• 输入仅需蛋白质PDB文件或PDB ID，无需复杂前处理;

• 自动进行动态轨迹分析与聚类，输出高质量的全原子模型集合;

• 支持蛋白质柔性特性研究;

• 适用于补充静态结构数据、功能预测、分子对接模拟等多种研究场景。

使用演示

网站地址：https://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSflex2/submit

 

右侧存在参数自定义区，如无特殊需求可不必修改（保持默认参数即可）：

 

提交后可能提示你需要等待一段时间（可能比较久，所以特别建议在上一步中留下自己的邮箱）

 

待运行结束后你所看到的结果页面如下所示（含有如下图所示的四个Tab栏），第一个Tab栏显示了你所上传的蛋白结构的信息：

 

第二个Tab栏显示了蛋白可能的十个构象，你可以下载每一个构象的结构：

 

第三个Tab栏呈现了每个构象的Contact map, 可了解任意两个残基之间contact频率。

 

第四个Tab栏呈现了该蛋白每个残基的波动性（即RMSF）

 

总之，CABS-flex 2.0 以其高效、可靠和易用性，已成为蛋白质结构柔性模拟领域的重要工具，特别适合希望在合理时间尺度范围内获取蛋白动态信息的研究者。其与实验数据的良好一致性，也为下游功能研究和应用建模提供了有力支撑。

Reference:

Kuriata, A.*, Gierut, A.M.*, Oleniecki, T., Ciemny, M.P., Kolinski, A., Kurcinski, M., Kmiecik, S. (2018), CABS-flex 2.0: a web server for fast simulations of flexibility of protein structures. Nucleic acids research.