
MRI数据处理
文章平均质量分 80
Dr. Yuchen Liu
Biomedical Engineering PhD from Fudan University, working MRI studies in Alzheimer‘s disease and beyond
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BIDS数据存储格式介绍与dcm2bids安装与使用
BIDS格式&dcm2bids安装与使用原创 2023-10-16 10:21:06 · 5145 阅读 · 2 评论 -
关于Freesurfer提取annotation分区结构特征的命令mri_segstats
Freesurfer提供了基于分区模板提取常规特征(area, volume, thickness,thicknessstd, meancurv, gauscurv, foldind, curvind)的指令mris_anatomical_stats+aparcstats2table还有可以提取从fMRI或DWI产生的结果以及一些特殊的结构特征(如LGI)的指令mri_segstats。常规特征的提取比较简单,将mris_anatomical_stats+aparcstats2table结合使用即可。.原创 2021-05-15 17:48:16 · 5609 阅读 · 15 评论 -
Diffusion MRI的纤维重建算法解析--DTI,ball-and-sticks model,CSD,DSI,QBI,GQI
一. 什么是纤维重建对结构MRI影像分析比较了解的话一定听过DTI,即DIffusion Tensor Image,初学时我以为DTI跟fMRI, T1类似,也是磁共振影像的一种,可以用来表征大脑内的神经纤维。但是这种认知是错误的,实际上应该是DWI(Diffusion Weighted Imaging),即扩散加权影像,它通过对水分子在多方向上的扩散程度进行成像,从而表征神经纤维的走向。...原创 2019-04-11 14:41:46 · 8623 阅读 · 3 评论 -
sMRI剥脑壳--基于FSL_BET
1.终端输入fsl后打开BET输入图像位置,生成图像位置,设置图像密度阈值f(f值越小,切割大脑轮廓设定越大), 选择bet执行算法,点击Go运行2.参数选择(点击Advanced options)-f<f> fractional intensity threshold (0->1); default=0.5; smaller values give la...原创 2018-09-14 15:17:04 · 5718 阅读 · 10 评论 -
MRI图像转格式
1.数据来源及格式西门子/GE:DICOM飞利浦: PAR/REC根据主流仪器西门子和GE产生的数据格式,因此DICOM格式比较多,本文只作此介绍:如图示,原始类型DICOM以及转格式后的3D,4D文件由头文件和影像组成,其中4D是指一条时间轴上的所有3D影像2.从DICOM格式转NifTI格式(.nii) 根据转换后的维度分为多张3D文件和一张4D文件,张数为...原创 2018-09-14 15:01:36 · 9217 阅读 · 2 评论 -
SurfStat Toolbox 使用说明
SurfStat软件包画图使用说明 Nature最近有一篇研究婴儿时期大脑体积,表面积对幼儿自闭症预测的研究:Early brain development in infants at high risk for autism spectrum disorder。方法部分使用了多种主流机器学习方法,看完能对机器学习预测方法的流程有一个比较清晰的认识,可以联系我liu...原创 2017-05-17 10:52:06 · 4272 阅读 · 3 评论 -
ICA与双回归分析(Dual_Regression)
简单来讲,双回归分析是ICA的一个延伸分析,旨在将ICA的组成分结果映射回单个样本中,从而计算其组差异。许多针对大脑的功能影像数据研究的文章采用过这种方法,在此不赘述。下面进入实现部分:一. 软件准备1.Linux系统2.FSL:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation二.数据准...原创 2017-03-21 22:05:03 · 5531 阅读 · 6 评论