MRI数据处理
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Dr. Yuchen Liu
Biomedical Engineering PhD from Fudan University, working MRI studies in Alzheimer‘s disease and beyond
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BIDS数据存储格式介绍与dcm2bids安装与使用
BIDS格式&dcm2bids安装与使用原创 2023-10-16 10:21:06 · 5145 阅读 · 2 评论 -
关于Freesurfer提取annotation分区结构特征的命令mri_segstats
Freesurfer提供了基于分区模板提取常规特征（area, volume, thickness,thicknessstd, meancurv, gauscurv, foldind, curvind）的指令mris_anatomical_stats+aparcstats2table还有可以提取从fMRI或DWI产生的结果以及一些特殊的结构特征（如LGI）的指令mri_segstats。常规特征的提取比较简单，将mris_anatomical_stats+aparcstats2table结合使用即可。.原创 2021-05-15 17:48:16 · 5609 阅读 · 15 评论 -
Diffusion MRI的纤维重建算法解析--DTI，ball-and-sticks model，CSD，DSI，QBI，GQI
一. 什么是纤维重建对结构MRI影像分析比较了解的话一定听过DTI，即DIffusion Tensor Image，初学时我以为DTI跟fMRI, T1类似，也是磁共振影像的一种，可以用来表征大脑内的神经纤维。但是这种认知是错误的，实际上应该是DWI（Diffusion Weighted Imaging），即扩散加权影像，它通过对水分子在多方向上的扩散程度进行成像，从而表征神经纤维的走向。...原创 2019-04-11 14:41:46 · 8623 阅读 · 3 评论 -
sMRI剥脑壳--基于FSL_BET
1.终端输入fsl后打开BET输入图像位置，生成图像位置，设置图像密度阈值f（f值越小，切割大脑轮廓设定越大）, 选择bet执行算法，点击Go运行2.参数选择（点击Advanced options）-f<f> fractional intensity threshold (0->1); default=0.5; smaller values give la...原创 2018-09-14 15:17:04 · 5718 阅读 · 10 评论 -
MRI图像转格式
1.数据来源及格式西门子/GE：DICOM飞利浦: PAR/REC根据主流仪器西门子和GE产生的数据格式，因此DICOM格式比较多，本文只作此介绍：如图示，原始类型DICOM以及转格式后的3D，4D文件由头文件和影像组成，其中4D是指一条时间轴上的所有3D影像2.从DICOM格式转NifTI格式(.nii) 根据转换后的维度分为多张3D文件和一张4D文件，张数为...原创 2018-09-14 15:01:36 · 9217 阅读 · 2 评论 -
SurfStat Toolbox 使用说明
SurfStat软件包画图使用说明 Nature最近有一篇研究婴儿时期大脑体积，表面积对幼儿自闭症预测的研究：Early brain development in infants at high risk for autism spectrum disorder。方法部分使用了多种主流机器学习方法，看完能对机器学习预测方法的流程有一个比较清晰的认识，可以联系我liu...原创 2017-05-17 10:52:06 · 4272 阅读 · 3 评论 -
ICA与双回归分析（Dual_Regression）
简单来讲，双回归分析是ICA的一个延伸分析，旨在将ICA的组成分结果映射回单个样本中，从而计算其组差异。许多针对大脑的功能影像数据研究的文章采用过这种方法，在此不赘述。下面进入实现部分：一. 软件准备1.Linux系统2.FSL：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation二.数据准...原创 2017-03-21 22:05:03 · 5531 阅读 · 6 评论