MRI图像转格式

1.数据来源及格式

西门子/GE：DICOM 
飞利浦: PAR/REC 

根据主流仪器西门子和GE产生的数据格式，因此DICOM格式比较多，本文只作此介绍：

如图示，原始类型DICOM以及转格式后的3D，4D文件由头文件和影像组成，其中4D是指一条时间轴上的所有3D影像

 

2.从DICOM格式转NifTI格式(.nii)

根据转换后的维度分为多张3D文件和一张4D文件，张数为扫描时间点的个数

SPM常用3D格式，而FSL常用4D格式：

3.转格式工具

MRIcron：dcm2niigui

终端命令: dcm2nii -4 Y/N –g Y/N –k ? –o output_dir raw_data_dir 

## -4 Y/N：是否生成4D文件

–g Y/N：是否压缩

–k ? ：是否删除前？张

–o output_dir：生成文件的存储路径
 
4.处理结果：
（1）功能像处理为4D.nii或多张3D.nii，.hdr/.img
（2）T1像处理后生成三个文件: 压缩后的原文件、o开头、co开头的文件。其中o开头的文件主要是进行了reorient的，而co是经过切割了neck的。使用前缀为co的文件进行空间normalize。