SurfStat Toolbox 使用说明-优快云博客

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SurfStat软件包画图使用说明

Nature最近有一篇研究婴儿时期大脑体积，表面积对幼儿自闭症预测的研究：Early brain development in infants at high risk for autism spectrum disorder。方法部分使用了多种主流机器学习方法，看完能对机器学习预测方法的流程有一个比较清晰的认识，可以联系我liuyuchen0020@163.com获取文章资源以及讲解PPT。

除了方法部分值得关注外，本文对大脑皮层图像的展示也是很常用的，今天我就来介绍怎么用MATLAB的SurfStat包画大脑皮层脑区，觉得Freeview的三脑图太丑的童鞋可以试试。

(一) 安装SurfStat

1. 下载地址：http://www.math.mcgill.ca/keith/surfstat/surfstat.zip

2. 安装步骤：保存到MATLAB下的Toolbox包里，然后set path里选中路径进行保存

3. 英文Mannul：http://www.math.mcgill.ca/keith/surfstat/

(二) 常用函数介绍

1.载入mask文件与pial文件

sig_curv = SurfStatReadData( {...
'H:/qdec/lh_curv/lh-Diff-hc-pa-Intercept-curv/sig.mgh', ...
'H:/qdec/rh_curv/rh-Diff-hc-pa-Intercept-curv/sig.mgh'} );

%用过QDEC的都知道它只能显示单面大脑，因此在执行完QDEC的差异分析后将其sig.mgh文件作为表面mask载入，左右脑分开载入，注意一定要按照左边的格式写，...,{}都是必须有的

pial = SurfStatReadSurf( {...
'I:/lh.pial', ...
'I:/rh.pial'} );

% 载入左右脑的pial文件，即如上图示未膨胀的大脑皮层

SurfStatView(sig_curv, pial,'Curv(-log10(p)) HC vs Pat' );

%用SurfStatView函数显示大脑图，括号右边为图注，显示结果如下：

怎么跟Nature的显示得不一样？

大脑怎么是绿色的？

sig.mgh文件内的数值是从0开始的，能不能显示FDR校正后的结果？

下面Bar图的颜色可以换么？

图注文字放一行有点挤，能不能换行？

。

2. SurfStat功能进阶

FDR_sig_curv=sig_curv;
for i = 163843:327684
a= FDR_sig_curv(1,i);
b=abs(a);
if b>5.1850
FDR_sig_curv(1,i)=a;
else
FDR_sig_curv(1,i)=0;
end
end
for i = 1:163842
a= FDR_sig_curv(1,i);
b=abs(a);
if b>2.4407
FDR_sig_curv(1,i)=a;
else
FDR_sig_curv(1,i)=0;
end
end

%这个程序将通过FDR校正后的P值筛选了出来，左脑（1:163842，>2.4407）右脑（163843:327684，>5.1850）

view_curv = FDR_sig_curv;
for i = 1:327684
a = view_curv(1,i);
if a==0
    view_curv(1,i)=7;
else
end
end
SurfStatView(view_curv, pial,{['HC vs Pat'];['Curv(-log10(p))']} );
SurfStatColLim( [-max(view_curv), max(view_curv)] );

%为了显示好看将所有值为0的体素改为7，这样除了通过FDR校正的体素点其余体素点都显示成白色；

SurfStatColLim([]) 提供了bar图的范围；

['HC vs Pat'];['Curv(-log10(p))']}这段函数则是将 HC vs Pat 与 Curv(-log10(p))做了换行。

如图：