BIDS数据存储格式介绍与dcm2bids安装与使用

原创 已于 2024-12-08 02:07:28 修改 · 6.3k 阅读 · 25 ·
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#脑科学 #MRI数据处理

于 2023-10-16 10:21:06 首次发布
本文介绍了BIDS标准及其在神经影像数据分析中的作用，重点讲解了如何通过dcm2bids工具将DICOM格式的数据转换为BIDS格式，包括安装Conda、创建Python环境以及使用dcm2bids的命令行参数。
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介绍dcmtk和dcm2bids

BIDS（Brain Imaging Data Structure）是一种用于规范化神经影像数据的标准，它定义了数据的目录结构、文件命名规则和元数据格式。BIDS使得数据的共享和分析更加容易，同时很多主流的图像处理自动化软件也需要BIDS存储格式来作为输入。

数据存储模式如下：

每个影像模态文件夹内包含了对应文件：

介绍dcm2bids

dcm2bids工具用于将DICOM格式的医学影像数据转换为BIDS格式。

安装Conda

在开始安装dcm2bids之前，您需要安装Conda，这是一个流行的包管理器，用于创建和管理Python环境。以下是在Linux上安装Conda的步骤：

  1. 下载Miniconda：访问Miniconda官网（
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dicom文件_实现原始Dicom自动转换BIDS格式 ——Heudiconv
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Python神经影像社区日趋完善，Linux shell搭配Python的神经影像工具开发方式越来越受追捧，催生出fMRIPrep、fMRIDenoise、Nipype、Nilearn、PyMVPA等优秀的toolbox，今天给大家介绍一个前期准备数据，自动整理BIDS格式的软件基于Linux及MacOS的Heudiconv是一款很方便的dicom转nifti格式的工具，不同于dcm2nii等传统...
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BIDS_Manager:BIDS Manage是旨在以BIDS标准导入和组织数据的软件。
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bids-matlab：用于BIDS数据集的MATLAB Octave工具
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convert_source：将源DICOM，PAR REC或NIFTI图像数据转换为BIDS目录布局
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convert_source 将源DICOM ， PAR REC或NIFTI图像数据转换为BIDS目录布局。 用作输入的YAML配置文件规定了用于查找和重命名文件的搜索词。 有关示例，请参阅config/config.default.yml或config/config.example.yml 。 需要dcm2niix和pydicom 。 usage: study_proc [-h] [-s STUDY_DIR] [-o OUT_DIR] [-c CONFIG.yml] [--no-gzip] [--compress INT] [--zero-pad INT] [--append-dwi-info] [--verbose] [--version] [--path-env PATH_VAR] Convert sou
dcm2niix:dcm2nii DICOM到NIfTI转换器
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但是，如果使用dcm2niix创建GZ压缩图像这将是，如果你已经快安装。 您可以通过下载获得针对您的操作系统编译的dcm2niix和pigz的版本。 图像转换和压缩 DICOM提供了许多存储/压缩图像数据的方法，称为。 有关如何...
BIDS格式解析与dcm2bids工具使用指南
BIDS通过定义一套清晰的数据目录结构、文件命名规范以及元数据格式（通常以JSON或TSV格式存储），使得来自不同实验室、扫描设备或研究项目的脑成像数据能够以统一的方式进行组织与管理。这种标准化不仅极大地方便了...
【亲测免费】 Dcm2Bids：您的DICOM转换好帮手
gitblog_01032的博客
09-10 889
Dcm2Bids：您的DICOM转换好帮手 项目介绍 Dcm2Bids是一款专为神经影像学社区设计的开源工具，其核心目的在于将DICOM格式的医学图像数据无痛转换并整理成Brain Imaging Data Structure（BIDS）标准。此项目着重于易用性和友好性，确保日常的DICOM到BIDS结构转换过程既简单又高效。版本3.1.1带来了重大的升级，引入了更强大的功能与灵活性，同时也需要注...
fMRI数据处理：从DICOM到NIFTI（中）
weixin_44933894的博客
06-04 1790
上一篇简单介绍了DICOM和NIFTI格式的文件，这一篇才是数据处理真正的开篇~当我们从核磁机器上拷贝回来数据的时候，非常的杂乱无章，我们需要打开核磁拷贝下来的文本信息（例如DIR_INFO.TXT）比着被试的名字去找对应的DICOM文件夹，这种方式非常的不易阅读，命名也不够规范和统一。所以我们拿到DICOM的第一件事，应该是整理原始的DICOM文件。这篇内容呢，看似不重要，其实还挺重要的。因为一个清晰的目录结构，可以减少很多重复查看等种种不必要的工作。接下来fMRI的数据处理就正式开始了！
bids格式数据中config文件的编写
qq_42698411的博客
01-02 2571
config文件的编写 参考资料： 官网 github详细描述 PDF文档 1.对应放置路径：code/ 官网样本： { "descriptions": [ { "dataType": "func", "modalityLabel": "bold", "customLabels": "task-rest", "criteria": { "SidecarFil
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