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原创 开始文章复现啦~

20250108记录:第一次跟着视频完成复现,期间仍然遇到了各种各样的问题,开始总是很艰难的,这点流程花费了我两个半天才啃下来。“路漫漫其修远兮”,不过没关系,慢慢来,总会有收获~

2025-01-08 00:41:53 146

原创 GEO数据挖掘之详细分析代码(一)获取基因表达矩阵

4.经过去重后得到了一个新的矩阵(探针id对应表达量),注意这仍然是一个对象!要将矩阵进行as.data.frame数据框转换处理,才能进行后续操作,否则会报错。3.分别对probe_id和symbol进行“去重”(probe_id和symbol的对应关系,存在“一对多”和“多对一”,所以需要分别去重)2.根据芯片平台搜索对应的ID转换R包,得到探针id及其对应的symbol的列表ids。1.从GEO数据库下载数据并得到表达矩阵(探针对应表达量)每行代码基本都有注释,意思明确简单。

2024-12-26 16:33:53 662

原创 单细胞测序分析——细胞注释SingleR 问题解决

单细胞测序之细胞注释celldex包安装

2024-12-25 15:18:20 273

原创 单细胞测序分析

单细胞测序的基本流程

2024-12-25 11:31:31 810

原创 Day1 方便快捷的下载GSE 数据集

利用函数包装,快捷下载geneset

2024-12-17 22:51:16 492

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