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原创 TwoSampleMR:local clump(MR-Base exceeded 300 seconds) 包括Windows和Linux R解决办法
TwoSampleMR 本地 local clump
2022-08-10 20:04:20
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原创 Drug2cell
如果使用ChEMBL药物靶点并旨在绘制完整的ATC组，drug2cell中有一个辅助功能，可以为扫描图绘制准备一些额外的论据。这样做的语法是将d2c.util.prepare_plot_args（）的输出捕获到一个变量中，然后将该变量传递到一个开头带有**的绘图函数中，如下所示。让我们使用UMAP来可视化药物。最近使用Drug2cell，目标是找到靶向感兴趣细胞的药物，正好Drug2cell可以完成这件事，使用一下试试。我们可以使用这个新对象进行差异表达分析，得到在特定簇中上调的基因组。
2023-10-20 15:59:23
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原创 使用ggpubr给单细胞数据添加P value和显著性水平
单细胞Seurat自带函数AddModuleScore可以计算单细胞基因集得分，代码如下。那么我们如何比较不同细胞亚型的得分差异性呢？这样我们就得到了3个亚簇的差异性P值。
2023-10-19 15:20:53
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原创 Github下载zip格式R包本地安装
无法从GitHub直接安装R包OpenSSL SSL_connect: Connection reset by peer in connection to api.github.com报错
2022-12-07 09:14:53
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原创 提取Seurat格式单细胞metadata和counts 新建seurat object
提取Seurat格式单细胞metadata和counts 新建seurat object。
2022-09-16 15:26:37
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原创 向Seurat对象添加降维对象
一个Seurat对象文件，但是不知道具体的降维参数是什么，做不出好看的UMAP图。手动添加umap坐标信息。Seurat添加降维信息的命令是CreateDimReducObject。也可以自己定义名字"XXX"
2022-08-31 17:17:53
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空空如也
空空如也
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