10、人口规模聚类与种族预测

最新推荐文章于 2025-11-10 11:51:24 发布

linux6sysadmin

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分类专栏： Scala机器学习实战文章标签：人口规模聚类种族预测 Spark

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人口规模聚类与种族预测

1. 数据预处理与特征工程

1.1 数据选择与下载

所有 24 个 VCF 文件共包含 820GB 数据，为简化演示，仅使用 Y 染色体的遗传变异数据，其大小约 160MB，不会带来巨大计算挑战。可从 ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/ 下载所有 VCF 文件和面板文件。

1.2 创建 SparkSession

val spark:SparkSession = SparkSession
    .builder()
    .appName("PopStrat")
    .master("local[*]")
    .config("spark.sql.warehouse.dir", "C:/Exp/")
    .getOrCreate()

1.3 指定文件路径

val genotypeFile = "<path>/ALL.chrY.phase3_integrated_v2a.20130502.genotypes.vcf"
val panelFile = "<path>/integrated_call_samples_v3.20130502.ALL.panel "