【AlphaFold2安装】Ubuntu 24 LTS 安装AlphaFold2

参考LoveFishO 2023年的安装教程，有的位置安装遇到问题，记录一些现在的安装过程。
原教程: https://www.cnblogs.com/lovefisho/p/17282067.html

安装流程

硬件系统与环境

OS: Ubuntu 24.04.1 LTS
CPU: Intel® Xeon® Gold 6230R × 104
GPU: NVIDIA RTX A6000
Memory: 512.0 G
Disk: 18T(2 SSD+8+8)

Python 3.12.3

CMAKE安装

Cmake下载地址
下载了Source distributions里的linux版进行编译安装

编译安装

根据系统位数下载源码

tar -xvf cmake-3.31.2.tar.gz
cd cmake-3.31.2
./bootstrap 
make
sudo make install
# 测试安装是否成功
cmake --version

bootstrap时候提示could not find OpenSSL

sudo apt-get install libssl-dev

再继续安装就好了

hmmer安装

sudo apt install hmmer
# 非常顺利
jackhmmer -h

hhsuite安装

git clone https://github.com/soedinglab/hh-suite.git

clone不到，到github的hhsuite地址去找，给了下列安装方式

# install via conda
conda install -c conda-forge -c bioconda hhsuite 
# install docker
docker pull soedinglab/hh-suite
# static SSE2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-SSE2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"
# static AVX2 build
wget https://github.com/soedinglab/hh-suite/releases/download/v3.3.0/hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; tar xvfz hhsuite-3.3.0-AVX2-Linux.tar.gz; export PATH="$(pwd)/bin:$(pwd)/scripts:$PATH"

提示“❗ Only the self-compiled HH-suite3 version includes MPI support, since MPI configuration is specific to the local environment.”
，用# static SSE2 build wget一下，最后

# 测试安装是否成功
hhblits -h

LoveFishO原文说

注意：请通过编译的方式安装hhsuite否则在使用该模块时可能会出现奇怪的问题”，不知道我这个行不行，先这样吧，咱也不会了。

Kalign安装

Kalign安装包下载

tar -zxvf kalign-<version>.tar.gz
cd kalign-<version>
mkdir build 
cd build
cmake .. 
make 
make test 
sudo make install

按大神的操作，没有遇到问题, 就是最后install时候sudo一下

OpenMM安装

编译安装
需提前安装 swig, doxygen

sudo apt install swig
sudo apt install doxygen
## 安装openmm
git clone https://github.com/openmm/openmm.git

毫无意外又不能git
使用git代理

git clone https://mirror.ghproxy.com/https://github.com/USERNAME/REPOSITORY
cd ./openmm
mkdir build && cd build
cmake ..
make && sudo make install
sudo pip install numpy cython
sudo make PythonInstall

pip时提示

error: externally-managed-environment

南七小僧的文章提供了解决方案，我选择粗暴款，直接去掉这个error。感谢这位校友！

sudo mv /usr/lib/python3.12/EXTERNALLY-MANAGED /usr/lib/python3.