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RSS订阅原创 蛋白设计 ProteinMPNN
例如，使用0.3-Å噪声训练的模型生成的序列，其AlphaFold预测在真实结构的lDDT-Ca（14）为95.0和90.0的情况下，比未加噪声或轻微加噪声的模型多两到三倍（图2C；在蛋白质设计计算中，使用更多噪声训练的模型具有生成更强烈映射到目标结构的序列的优势，通过预测方法（这增加了设计通过基于预测的筛选器的频率，相应地也可能增加达到所需目标结构的折叠频率）基于物理的传统方法，例如罗塞塔，面临计算难度，因为需要计算所有可能结构的能量，包括不需要的寡聚态和聚合态。
2025-04-03 21:46:40
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原创 AI模拟了一场5亿年的进化
研究团队将蛋白质的结构和功能编码为离散的字母，构建了一个统一的“生物语言”体系，使模型能够同时推理蛋白质的序列、结构和功能。蛋白质是生命的基石。从驱动肌肉运动的分子引擎，到捕捉光能的光合作用机器，再到细胞内的信息处理系统，这些功能复杂的分子贯穿了生命的每一个环节。尽管科学界早已解析了蛋白质的化学结构，但蛋白质的设计逻辑于人类而言，如同一门尚未理解的古老语言。ESM3与我们熟悉的ChatGPT、DeepSeek等AI模型原理相近，不过ESM3处理的不是文本，而是蛋白质的序列、结构和功能。
2025-04-03 21:46:17
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原创 PyTorch的dataloader制作自定义数据集
PyTorch的dataloader是用于读取训练数据的工具，它可以自动将数据分割成小batch，并在训练过程中进行数据预处理。以上是制作PyTorch的dataloader的简单步骤，根据实际需求可以进行更复杂的操作，如数据增强、并行读取等。创建dataloader实例，可以设置。定义数据集类 需要自定义一个继承自。使用dataloader读取数据。5.已经分类的文件生成标注文件。创建dataloader实例。
2025-04-03 21:44:02
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原创 AI首次从头设计出蛋白酶
传统的酶工程研究，聚焦于修改已存在的蛋白酶，但这就像你买来一件旧西装，寄希望于简单修改就能适合自己穿，这显然不大可能。而从头设计蛋白，相当于从头开始量身定制一件西装，尤其是随着人工智能技术的进步，我们能够从头定制一个新的酶，确保其完美适合催化的每一步反应。的深度神经网络，通过模拟酶中的原子位置以及在反应的每一步中与之结合的分子，来改进结构设计。然而，之前使用 AI 从头设计酶的努力收效甚微，设计出来的酶无法像天然酶那样催化多步反应，通常在反应的第一步后就停止了。是一个四步化学反应，包括破坏分子之间的酯键，
2025-04-03 21:43:51
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原创 酶动力学预测工具CataPro安装教程
在此，研究人员基于蛋白质语言模型、小分子语言模型和分子指纹，提出了一种名为 CataPro 的新酶动力学参数预测算法。该研究从 BRENDA 和 SABIO-RK 数据库中收集了最新的转化率（kcat）、迈克尔常数（Km）和催化效率（kcat/Km）数据。根据 0.4 的蛋白质序列相似性对这些数据进行聚类，我们得到了相应的 10 倍交叉验证数据集。CataPro 在这些无偏 10 倍交叉验证数据集上进行了训练，在预测 kcat、Km 和 kcat/Km 方面的性能优于之前的预测器。1、创建并激活虚拟环境。
2025-04-02 20:48:03
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原创 Linux修改默认shell为zsh
加入之前输入过这个指令 ssh node01，那么当你输入 ssh no 的时候，终端会提示灰色，只需要按 →（右箭头）或者。Oh My Zsh 是一个超好用的 Zsh 配置框架，让终端更智能、自动补全超强、还有主题美化 ✨。而conda是有效命令，会是绿色。其中合法命令是绿色，错误命令是红色，路径、参数、变量会以不同的颜色区分。，就像你在用 fish shell 或输入法那样的“灰色提示”。支持更复杂的参数结构提示（比自带的 zsh 更强）（语法高亮）：为你在终端中输入的命令加上。
2025-03-29 18:28:00
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原创 ESMFold 安装教程
运行esmfold需要安装openfold 1.0.0，如果直接使用pip install openfold或者使用github作者给予的命令，会安装成2.0.0，会造成程序的错误，因此主要解决的一个问题就是需要手动安装1.0.0版本的openfold，过程中遇到的其他问题也会一一解决。对轴向注意力计算进行分块处理，从而降低内存占用。选择以普通的形式进行安装，这样 openfold 的包会被复制到 conda 环境的 site-packages 目录中，而不是仅仅建立一个链接，其他用户无需访问源代码目录。
2025-03-18 15:06:44
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原创 Docker 镜像传输
可以通过任何文件传输方式（如 scp、rsync 等）将 .tar 文件传输到目标服务器。这将把 hello-world:latest 镜像保存为名为 hello-world.tar 的 tar 文件；其中，user@target_server:/path/to/destination 为目标服务器的实际路径；这会将 tar 文件中的 Docker 镜像加载到 Docker 中。目的：已下载的 Docker 镜像从一个机器传输到另一个机器。
2024-12-02 10:48:00
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原创 Docker卸载
6、删除Docker配置文件（可选）2、查找已安装的docker软件包。4、删除Docker相关文件和目录。3、移除Docker软件包。5、删除Docker用户组。1、停止Docker服务。
2024-12-01 11:23:19
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原创 Linux安装NVIDIA 容器工具包（NVIDIA Container Toolkit）
该错误通常发生在使用 Docker 容器时，特别是涉及 GPU 加速的任务。这个错误提示说明当前系统没有正确安装或配置 NVIDIA 容器工具包（NVIDIA Container Toolkit），该工具包是用于支持 Docker 容器中使用 NVIDIA GPU 的必需工具。
2024-11-29 20:09:01
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原创 Docker问题：docker: Error response from daemon
出现 docker: Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": read tcp 12.12.12.3:54552->54.236.113.205:443: read: connection reset by peer 错误，通常是因为 Docker 无法通过代理连接到 Docker Hub 来拉取镜像。这通常是由于网络访问问题或代理配置不当。3、保存并退出文件；
2024-11-29 10:47:35
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原创 Docker常用命令
这些是一些常用的Docker命令；其中，表示镜像id， 表示镜像名称，表示容器id，使用过程中，需要将其替换成具体的镜像或者容器值；可以帮助你管理容器和镜像。
2024-11-28 22:05:49
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原创 将Docker加入系统的Module管理
是一种用于在集群环境中动态加载和卸载环境模块的工具。它通常用于加载不同版本的软件环境和设置必要的路径和环境变量。如果 Docker 已经安装，并且你的系统支持使用 module 工具来管理它，你可以将 Docker 配置为一个模块，并通过 module load docker 来加载 Docker 环境。
2024-11-28 14:24:14
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原创 Linux安装Docker
Docker 是一种开源的容器化平台，用于开发、运维和部署应用程序。Docker 允许你将应用程序及其依赖项封装到一个标准化的容器中，并能确保在任何环境下都能一致地运行。容器是一种轻量级、可移植的虚拟化技术，它比传统的虚拟机更高效。
2024-11-27 22:36:29
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原创 Linux服务器将普通用户添加到sudoers组
在 Rocky Linux 8 中，通常将用户添加到 wheel 组，以允许其使用 sudo 权限。可以执行以下命令将 username 用户添加到 wheel 组（这里的username替换成需要修改权限的用户名），-aG 选项表示将用户 username 添加到 wheel 组，并保留该用户的其他组信息。注意：只有root用户才有权限将普通用户添加到 sudoers文件中并授予其管理员权限，所以事先必须知道root用户的密码，本文以Rocky Linux 8为例。
2024-11-27 21:52:32
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原创 git clone下来的文件不完整（仓库中部分文件是用Git LFS上传的）
Git 克隆操作已经成功完成了普通对象的下载。Git LFS 管理的大文件可能尚未下载，需要通过命令下载完整的 LFS 文件。确保本地正确安装了 Git LFS，并在克隆后运行相应的命令来拉取大文件。
2024-10-08 13:24:51
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原创 VSCode连接远程服务器时打开TensorBoard报错：The package TensorBoard is required to launch a TensorBoard session.
最终经过查询终于找到了出现这个问题的原因：是VSCode中错误的使用了Linux系统的Python3.6解释器，而不是我项目中conda虚拟环境的python3.10解释器，所以只需要把当前的python解释器切换成你想要的python解释器即可；我也曾尝试过用管理员权限去执行上述指令，但是还是有问题，无法正常打开tensorboard的窗口；3、最后就可以在VSCode中正常启动tensorboard了，快去试试吧，希望能解决你的问题！2、 选择我们该项目的虚拟环境中python的解释器即可；
2024-08-09 11:36:53
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原创 Linux 常用命令集合
linux查看指定文件（filename）最后几行数据；linux查看一个文件有多少行；文件中最长的那一行是多少个字符；4、统计指定文件中的单词数；
2024-08-06 21:21:09
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原创 使用WSL2安装Ubuntu 24.04和蛋白隧道动力学分析工具Caverdock v1.2
4、从Caverdock的官网下载Apptainer/Singularity Image 的 CaverDock软件，但是点击download之后是一个乱码的sif文件；9、输入 caverdock --help 发现缺少一些依赖的包，逐一对其进行安装（安装过程发现有些特定版本的依赖项找不到，但是换源之后找到了，体现了换源的重要性）；这些隧道是蛋白质内部的路径，通常允许小分子或者离子通过，从而参与和调控生物分子的功能；3、安装Apptainer容器，它是一个相对较新的容器软件（类似docker）；
2024-08-06 20:39:21
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空空如也
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