2025 Ubuntu24的NGS快速处理系统

安装FLASH Seqkit cutadapt conda

卡卡的，勉强运行的，忠实的伙伴老服务器，终于是不理我了。只能重新安装各种用来处理NGS数据的脚本。实用就是不区更新了，把旧东西装在新瓶子就好。

FLASH

https://ccb.jhu.edu/software/FLASH/ 下载precompiled Linux x86_64 binary: FLASH-1.2.11-Linux-x86_64.tar.gz
解压就能用，感恩。

在NGS目录下建folder DATA/projectfolder存放临时文件，在NGS目录下运行

./FLASH-1.2.11/flash DATA/projectfolder/12_1.fq.gz DATA/projectfolder/12_2.fq.gz -p 30 -r 244 -f 488 -s 100 -o DATA/projectfolder/r0

Conda

下载
https://www.anaconda.com/download/success
Python 3.12 64-Bit (x86) Installer (1007.9M)

chmod +x Anaconda3-2024.10-1-Linux-x86_64.sh 
./Anaconda3-2024.10-1-Linux-x86_64.sh