使用NCBI rpsblast寻找蛋白序列具有的保守Domain (本地版CD-search)

在生信研究中经常需要寻找蛋白序列的Domain，蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分，一般来说会有发挥功能的区域，结合其它物质的区域，二聚化区域等等。现在的蛋白质数据库已经很多了，但寻找Domain可以直接考虑NCBI的CD-search功能，其中包含了NCBI自带的CDD库(link)，PRK库(link)，以及外部的Pfam数据库(link)，COG库(link)，SMART库(link)，TIGRFAM库(link)等。查询起来可以说是很方便！网页查询地址为：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

此处介绍本地版查找Domain的方法，数据仍旧是NCBI上的数据，只不过是下载后使用而已。进行本地版rpsblast依赖本地BLAST工具即可，BLAST+安装包已包含此功能，不需要额外安装其它工具。