基因家族分析④：Batch-CD-Search

原创 已于 2022-05-24 13:48:17 修改 · 6.7k 阅读 · 13 ·
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于 2021-07-20 21:09:08 首次发布
本文介绍了如何在Linux环境下利用hmmsearch获取蛋白序列，并通过TBTOOLS提取特定ID的序列。接着，通过NCBI的CDD批量CD搜索分析蛋白结构域，筛选出包含目的基因家族结构域的序列。最终，删除不符合条件的序列，获得目标基因家族的精确序列集合。

将linux下使用hmmsearch得到的out文件，用excel打开，得到其蛋白序列：

 

用TBTOOLS，根据序列ID，提取这些序列：

如此，我们便能初步得到目的基因家族的序列

接下来进行结构域分析

打开NCBI——CDD——batch—CD—search

输入刚刚提取得到的蛋白序列，点击Browse result，全选序列：

 再点击show selected queries，查看蛋白结构域

将不含有目的基因家族结构域的蛋白删除，最后得到的蛋白序列即为该基因家族的序列。

使用NCBI rpsblast寻找蛋白序列具有的保守Domain (本地版CD-search)
keepaware的博客
09-26 9390
在生信研究中经常需要寻找蛋白序列的Domain，蛋白序列的Domain对于蛋白质来说是最重要的一部分。网页版CD-search能够解决少量蛋白序列的搜索需求，但是若是需要寻找大量的蛋白Domain信息，那么NCBI-blast+安装包携带的rpsblast绝对是最好的选择。
NCBI CD-Search的本地版安装与使用（windows）
qq_45047340的博客
04-18 2959
参考文献##NCBI的保守结构域数据库以及蛋白结构域分析工具 重点看RPS-BLAST and rpsbproc部分Standalone“单机版”，应该指的是这些工具可以在没有网络连接的情况下，独立于任何在线服务，在个人计算机或本地服务器上运行的版本。) （这个网址好像失效了）to compute and retrieve（检索） domain annotation programmatically. Basic Protocol。
linux ftp ls 超时_在Linux上下载 Batch CDSearch，分析蛋白质保守结构域
weixin_42343124的博客
11-28 1061
嗨喽，大家好，我是Sunny,今天我又来给大家分享了~~今天给大家分享的是一个生物软件的安装。在Linux上下载 Batch CD-Search。上一篇文章说了保守结构域怎样分析，网页分析速度如果不快的话可以安装这个软件试试。1. 帮助文件https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/mmdb/cdd/rpsbproc/README2.安装命令(1)下载软件包，--t...
基因家族分析《二》
weixin_43840576的博客
11-06 4810
找到 ”Batch-CDD"工具，输入上一步获得的hitdata.txt文件，以及蛋白序列文件，点击"start“，对其结构进行可视化；
实验篇——基因家族成员鉴定（一)
2301_78630677的博客
07-16 1万+
今天认识了生信分析中一个十分实用的软件——TBtools ，我将带大家初识一下该软件，使用该软件进行基因家族成员鉴定。有关生物知识，请看 生物笔记——注解（一) 这篇文章是我学习基因家族成员鉴定的笔记，亦是我的第一篇有关生信分析的文章，或许还有许多不够详细之处，请理解。 孤帆远影碧空尽，唯见长江天际流。 -2023-7-14 实验篇
一文了解蛋白功能结构域预测与分析
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蛋白功能结构域预测、分析、蛋白结构域功能分析注释
基因家族分析套路.pdf
07-03
可以使用pfamdb和NCBI Batch CD-Search来检查结构域。 5. EST支持：Blast和HMMer的共同检测结果可以作为成员鉴定的辅助证据。 二、进化树构建与分析 进化树分析是理解基因家族演化关系的关键步骤，通常包括以下...
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07-04
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怎么解读Batch CD-search tool NIH/NLM/NCB
08-22
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MPB：上海巴斯德所崔杰组-RNA病毒组与生物信息学分析
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
05-18 3840
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yyandad的博客
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06-03 3653
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Smart_cxr的博客
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1、我们如果发出一个搜索请求的话，会拿到一堆搜索结果，这个搜索结果里的各种数据，都代表了什么含义 2、搜索的timeout机制，底层的原理，画图讲解 GET /_search {   "took": 6,   "timed_out": false,   "_shards": {     "total": 6,     "successful": 6,     "failed": 0
kubectl describe pvc batch-infer-bucket-dev -n maas-dev Name: batch-infer-bucket-dev Namespace: maas-dev StorageClass: cstor-csi-zos-standard-sc Status: Pending Volume: pvc-batch-infer-bucketd Labels: <none> Annotations: volume.beta.kubernetes.io/storage-provisioner: zos.csi.cstor.com Finalizers: [kubernetes.io/pvc-protection] Capacity: 0 Access Modes: VolumeMode: Filesystem Used By: ctyun-batch-infer-serv-6dbf7684d8-tvwvd ctyun-batch-infer-serv-c8cd8c4c5-b5r7l Events: Type Reason Age From Message ---- ------ ---- ---- ------- Warning FailedBinding 5s (x19 over 4m23s) persistentvolume-controller volume "pvc-batch-infer-bucketd" already bound to a different claim.
最新发布
09-29
<think>首先，用户的问题是：在运行 `kubectl describe pvc` 时出现错误提示 `volume "pvc-batch-infer-bucketd" already bound to a different claim`。我需要解决这个问题。 从系统级指令中，我知道： - 所有行内数学表达式要用 `$...$` 格式。 - 独立公式用 `$$...$$` 格式并单独成段。 - 使用中文回答。 - 生成相关问题。 - 在回答中引用的段落末尾添加引用标识。 - 参考提供的引用内容。 提供的引用内容： - 引用[1]：关于Kubernetes PVC和PV的绑定机制。管理员创建PV，用户创建PVC，Kubernetes自动绑定。PV一旦绑定到PVC就被独占，删除PVC后PV被标记为释放，但需要回收才能重用。 - 引用[2]：关于微调GPT-3.5模型的，似乎与问题无关。 - 引用[3]：关于生存分析的非参数估计，与技术问题无关。 - 引用[4]：关于单调多头注意力的研究，与Kubernetes无关。 - 引用[5]：关于平衡损失函数在深度学习中的应用，与问题无关。 所以，我应该主要参考引用[1]，因为它直接涉及Kubernetes PVC和PV的绑定机制。用户的问题是PV被错误地绑定到另一个PVC，导致当前PVC无法绑定。 错误消息的含义：`volume "pvc-batch-infer-bucketd" already bound to a different claim` 意思是这个PV（volume）已经绑定到了另一个PVC（claim），不能再次绑定到当前PVC。 根据引用[1]： - PV一旦绑定到某个PVC上，就被独占。 - 如果用户删除PVC，PV会被标记为“已释放”，但还不能立即重用；需要回收策略完成数据清除。 - 管理员可以设置PV的回收策略。 因此，解决方案可能涉及到： 1. 检查当前PV的状态：使用 `kubectl get pv` 查看PV的状态（如Available、Bound、Released等）。 2. 释放PV：如果PV处于Bound状态但被错误的PVC占用，需要删除那个错误的PVC。 3. 回收PV：如果PV处于Released状态，需要根据回收策略（如删除、保留或回收）来处理。 4. 重用PV：确保PV被正确回收后，才能绑定到新PVC。 常见步骤： - 使用 `kubectl get pv` 找到PV "pvc-batch-infer-bucketd" 的状态。 - 如果它被绑定到另一个PVC，删除那个PVC：`kubectl delete pvc <claim-name>`。 - 然后，PV应该进入Released状态。 - 等待回收策略执行：如果是Retain策略，管理员需要手动清除；如果是Delete策略，PV会被自动删除；如果是Recycle策略，它会被回收。 - 之后，PV才能重新绑定到新PVC。 在用户的问题中，错误提示说PV已经绑定到另一个claim，所以很可能有另一个PVC在使用它。 回答结构： - 解释错误原因。 - 提供解决步骤。 - 参考引用[1]来支持解释。 - 使用中文。 - 生成相关问题。 最终回答应包括： 1. 引言：解释错误原因。 2. 步骤：逐步解决。 3. 引用：在相关部分添加引用标识。 4. 相关问题：生成几个相关问题。 </think>### 错误分析与解决步骤 您遇到的错误 `volume "pvc-batch-infer-bucketd" already bound to a different claim` 是由于 Kubernetes 中的 PersistentVolume (PV) 绑定机制导致的。具体来说，PV `pvc-batch-infer-bucketd` 已经被另一个 PersistentVolumeClaim (PVC) 独占绑定，无法再用于当前 PVC。PVC 和 PV 的绑定是独占性的，一旦绑定就不能与其他 PVC 共享，除非 PV 被完全释放和回收 [^1]。以下是逐步解决方案： #### 1. **检查 PV 和 PVC 的当前状态** - 运行命令查看 PV 的绑定状态： ```bash kubectl get pv pvc-batch-infer-bucketd -o wide ``` 重点关注 `STATUS` 字段： - 如果显示 `Bound`，表示 PV 已被其他 PVC 占用。 - 如果显示 `Released`，表示 PV 已释放但未回收完成。 - 运行命令查看所有 PVC，找出绑定到该 PV 的 PVC： ```bash kubectl get pvc --all-namespaces | grep "pvc-batch-infer-bucketd" ``` 这将显示占用 PV 的错误 PVC 名称和命名空间。 #### 2. **释放 PV** - **如果 PV 状态为 `Bound`**：删除占用 PV 的错误 PVC。 ```bash kubectl delete pvc <错误PVC名称> -n <命名空间> ``` 替换 `<错误PVC名称>` 和 `<命名空间>` 为实际值。删除后，PV 状态将变为 `Released`。 - **如果 PV 状态为 `Released`**：PV 已释放，但需要回收才能重用。跳过此步。 此时，PV 被标记为“已释放”，但仍不能被新 PVC 绑定，因为数据可能未被清除 [^1]。 #### 3. **回收 PV** - 检查 PV 的回收策略： ```bash kubectl describe pv pvc-batch-infer-bucketd | grep "Reclaim Policy" ``` Kubernetes 支持三种回收策略： - `Retain`（保留）：管理员需手动删除数据或重新创建 PV。运行 `kubectl delete pv pvc-batch-infer-bucketd` 删除 PV，然后重新创建同名 PV。 - `Delete`（删除）：如果是动态供给（如云存储），PV 会自动删除；确认后重试 PVC 创建。 - `Recycle`（回收）：PV 会自动清除数据并转为 `Available`；等待几分钟后重试。 - 如果策略是 `Retain`，手动清除存储设备上的数据（例如，删除云存储桶中的文件），然后重建 PV： ```yaml # 示例 PV 定义文件 (pv.yaml) apiVersion: v1 kind: PersistentVolume metadata: name: pvc-batch-infer-bucketd spec: capacity: storage: 10Gi accessModes: - ReadWriteOnce persistentVolumeReclaimPolicy: Retain # 根据需要调整策略 storageClassName: standard hostPath: path: /data # 替换为实际的存储路径 ``` 应用：`kubectl apply -f pv.yaml`。 #### 4. **重新绑定 PVC** - 确保 PV 状态为 `Available`： ```bash kubectl get pv pvc-batch-infer-bucketd ``` - 重新创建或等待您的 PVC 自动绑定： ```bash kubectl apply -f your-pvc.yaml # 替换为您的 PVC 定义文件 ``` 如果 PVC 仍然处于 `Pending` 状态，检查事件日志： ```bash kubectl describe pvc your-pvc-name -n your-namespace ``` #### 错误预防建议 - **设置回收策略**：在 PV 定义中使用 `persistentVolumeReclaimPolicy: Delete` 或 `Recycle`（如果支持），避免手动清理。 - **检查 PVC 冲突**：在创建 PVC 前，确保没有同名或同存储需求的 PVC 存在。 - **监控事件**：使用 `kubectl get events` 查看绑定相关的警告。 此错误源于 PV 的独占绑定特性，管理员需确保 PV 完全回收后才能重用 [^1]。如果问题持续，检查存储类（StorageClass）配置或 Kubernetes 版本兼容性。
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