RPS-BLAST 多线程操作

直接上命令行!

nohup  rpsblast -query input.fasta -db /database/Cdd -evalue 0.01 -outfmt 5 -mt_mode 1 -num_threads 40 -out   output.rpsout&

注意使用

-mt_mode 1

把这里-mt_mode 设置为1之后，我们就可以使用多线程啦，不然直接使用-num_threads 是没用的

这是接口是NCBI-blast-2.11.0 版本新加的哦.

-num_threads 40

这里的40代表40个CPU,之后我们就可以使用40个核多线程运行这个脚本啦!

对大的fasta文件处理不要太快哦!相当于提升了40倍!当然,如果你的服务器有100个核,这里的数字可以改成100哈!那就更快了!

可以看到下图 %CPU 是 3970 ,也就是40个CPU

注:

使用的是NCBI-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz 版本

参考:

BLAST® Command Line Applications User Manual (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/)

BLAST® Help [Internet].(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK131777/)