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前言最近，看到一篇博文，关于单细胞RNA-seq（Single-cell RNA-seq data）的分析学习教程，大佬将很多有用的代码分享出来，也许对你单细胞分析之旅有一定的帮助。虽然，自己目前并非涉及单细胞方面的内容，但对这块的依旧有一定的学习（只了解一点点皮毛）。推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。分享感兴趣的文献和学习资料!

小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!

系统发育树绘制教程

科研绘图

推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。也许，在看推文的你也在写工作总结，一年时间一转眼就是一年，过得不知不觉........，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；也许，2024，你完成了你的人生大事中的一件、两件、三件.....；也许，2024，你已经硕、博毕业，进入工作；也许，2024，你考上了理想的学校；

推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。今天，我们的教程就教大家如何获得自己在NCBI数据中未公开的数据访问链接。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；但是，在发文章时，审稿专家要求你将数据连接附在文章中，已方便对方访问。此外，若是大家需要如何在NCBI中上传数据教程，可以在本文中留言。

copilot类似于open AI，可以自动给你撰写R代码，以及根据你的提示给你可能想要的分析。到这里，你在Rstuido中的设置就已经结束，现在需要注册copilot账号。OK，今天的教程到这里就结束了，很多Copilot的玩法等你来探索。但是，也有可能是网络的问题，那么你就需要进行。在解决R中的问题，是比较好用的。

copilot类似于open AI，可以自动给你撰写R代码，以及根据你的提示给你可能想要的分析。到这里，你在Rstuido中的设置就已经结束，现在需要注册copilot账号。OK，今天的教程到这里就结束了，很多Copilot的玩法等你来探索。但是，也有可能是网络的问题，那么你就需要进行。在解决R中的问题，是比较好用的。

今分享基因组结构变异检测的教程，大家常用的软件基本是minimap2软件，这个软件也是出自李恒大佬之手，但是对于新手小白，或是没有服务器的同学而言，直接在本地使用minimap2是不现实的。然而，今天可以啦。这个主要是归功于CJ老师开发的TBtools软件。非常厉害的一个生信化软件，TBtools问世以来真是造福了多少生信小白。。自己在19年开始了解TBtools，一直到现在，中间换过多台电脑，但是首选安装的软件中一定会有它。我们前面做过等几个教程。minimap2。

分享基因组结构变异检测的教程，大家常用的软件基本是minimap2软件，这个软件也是出自李恒大佬之手，但是对于新手小白，或是没有服务器的同学而言，直接在本地使用minimap2是不现实的。然而，今天可以啦。这个主要是归功于CJ老师开发的TBtools软件。非常厉害的一个生信化软件，TBtools问世以来真是造福了多少生信小白。。自己在19年开始了解TBtools，一直到现在，中间换过多台电脑，但是首选安装的软件中一定会有它。我们前面做过等几个教程。minimap2。

下载组学数据一般为SRA文件格式，需要将其拆分为FQ文件格式，常用的工具是NCBI中的fastq-dump软件进行拆分。但是，fastq-dump软件只能使用单线程运行，速度非常慢。可以看教程**那么如何实现多线程快速拆分呢？**今天我们推荐大家使用工具，实现多线程运行，提供工作效率。

下载组学数据一般为SRA文件格式，需要将其拆分为FQ文件格式，常用的工具是NCBI中的fastq-dump软件进行拆分。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；由于微信改版，一直有同学反映。：若你有好的教程或想法，可添加小杜个人微信。软件只能使用单线程运行，速度非常慢。工具，实现多线程运行，提供工作效率。，但支持小问题2-3个免费咨询。欢迎关注《小杜的生信笔记》！若我们的教程对你有所帮助，请。，不错过每一条推文教程。，这是对我们最大的支持。下载后解压，操作上同。

誰能经得住几个3年，3年可以硕士毕业；3年可以从硕到博；3年可以让你从一个刚出炉的“小白”到身经百战的“大You”；3年可以生个小孩，小孩也快2岁了，也可是3岁；3年真的可以做很多事。但，3年，在我们这里最大的看点就是文章内容变多了。

从很早关注我的同学应该了解小杜的知识分享历程，小杜是从2021年11月底开始进入此“坑”，一直坚持到现在，马上3年了（24年11月底到期）。自己也从一个小青年，变成一个大青年。也许后面，会一直更新下去，但是也许我某一天突然间就停止。誰能经得住几个3年，3年可以硕士毕业；3年可以从硕到博；3年可以让你从一个刚出炉的“小白”到身经百战的“大You”；3年可以生个小孩，小孩也快2岁了，也可是3岁；3年真的可以做很多事。但，3年，在我们这里最大的看点就是文章内容变多了。

主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!关于**《R语言绘图专栏》**，此专栏基于。此系列将会是一个长期更新的系列。每个图形我们会提供对应的。若我们的教程对你有所帮助，请。，这是对我们最大的支持。

R语言绘图，ComplexUpset图绘制教程

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我们在前面的教程分享了模式植物构建orgDb数据库 | 以org.Slycompersicum.eg.db为例,这两天也做对应的分析，但是发现前面的代码速度太慢了，以及会出现报错的情况。那么我们也做了对应的优化，可以大大减少花费时间，以及减少我们的报错。现在我们的代码，可以直接读取eggnog分析获得数据，非常的方便。此外，我们在这里依旧推荐大家使用本地的Egg-mapper进行注释，我自己使用下来，非常的快捷。

我们的代码可能在运行时候会出现不同的问题，也会出现，在我这里正常运行，而在你那边程序中却报错的情况。虽然网页版的Egg-mapper工具，现在可以支持最多10000条的序列，但是速度依旧是比较慢的。好比，这个教程，我昨天的运行时，也各种报错，内心是发狂的，不知道为什么。自己的代码或教程，在前面分析过程中可以运行，但是现在再去使用时也会报错。,这两天也做对应的分析，但是发现前面的代码速度太慢了，以及会出现报错的情况。那么我们也做了对应的优化，可以大大减少花费时间，以及减少我们的报错。，这是对我们最大的支持。

我们在使用NAS的时候，是否遇到无法将服务器中的文件无法直接使用Xftp工具下载到NAS中，在下载界面出现你你没有权限下载此文件夹，因此，对于大数据储存下载非常麻烦。今天，我们的来分享一篇，直接将NAS直接挂载到服务器的教程。我们这里服务器是处于同一局域网，本教程可以正常挂载。

主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；请大家看清楚回复关键词，每天都有很多人回复错误关键词，我这边没时间和精力一一回复。我们在使用NAS的时候，是否遇到无法将服务器中的文件无法直接使用。这些操作结束后，恭喜你，已经完成80%了。挂载成功后，直接将Linux中的文件，，因此，对于大数据储存下载非常麻烦。文件位置，结合自己需求，可以直接在。运行后，输入密码即可挂载成功。到此文件中，即可实习同步。，这是对我们最大的支持。，本教程可以正常挂载。在NAS中设置共享文件。

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构建模式植物OrgDB，轻松功能富集。

在我们制作分析是会遇到的问题，随着前面教程推出，也有同学咨询如何制作KEGG背景文件。最开始的目标是，将我们注释文件进行本地打包建库，使用时就会更加的方便。diamond在多于千条序列时才会体现速度优势，少量序列会感觉非常慢，而且结果也没有hmmer的更准确，尤其是对远源注释方面。本教程，我们会提供分布式的步骤教程，大家可以直接跟随教程直接做即可。对于这个问题，每个人分析的环境不同以及资源不同，我们根据自己的环境和资源进行合理调整即可。若手中的有充足资源服务器，可以自己搭建，有利于后续流程的搭建和分析。

昨天（2024年7月23日）我们分享了学生及科研人员电脑配置推荐 | 笔记本+外置显卡配置，性能足够支持完成你博士论文文本内容,那么今天我们就分享一文解决 | Linux（Ubuntn）系统安装 | 硬盘挂载 | 用户创建 | 生信分析配置的教程，我们使用一文来解决大家在做生信时遇到安装系统、配置环境的问题。在此文中，我们尽快可能给出一套全网最全的教程。目标是解决新手小白同学查资源的困惑和难题。但是，每个童鞋遇到的问题不一样，此教程也不可能把你遇到的每个问题都归纳在其中。我们也希望，

注意：我们文章中只是总结了一部分内容，很多详细的内容，都需要自己有正对性的设置，大家可以尽情地“度娘”。中，@九筒同学的教程，这个教程他在23日刚做了更新，比较全面，我们就直接引用他的教程即可。若是这个教程，无法满足您的需求，那么你也可以继续查找其他的教程，在网上一搜索，会有很多个教程。用户还需要一个密码。是一个用于更改用户密码的命令，或者具有管理员权限的用户可以更改其他用户的密码。对于制作启动盘的工具更多，我们这里只是进行介绍我们本次安装时所使用到的工具，其余的工具，大家可以结合自己实际情况而定。

今天中午看到通哥分享的教程，conda转圈圈，为何不试试pixi，Pixi是第一次了解。但是，通过他们的介绍，确实牛X,速度是conda的10倍以上，mamba的4倍。对于自己而言，自从使用了mamba以后，基本不会在使用conda安装软件。conda很多时候，速度让我劝退了。Pixi确实有这么牛X？那么就实际操作一下吧。

一种是直接从官网中下载，一种是在github中下载。我这里直接从官方下载，可以成功下载，若是你未能成功，直接从github中下载。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；对于自己而言，自从使用了mamba以后，基本不会在使用conda安装软件。对于Pixi的安装，大家可以更具官网的操作进行，也可以使用通哥的教程，，Pixi是第一次了解。但是，通过他们的介绍，确实牛X,关于Pixi详细的说明，可以到官网进行了解。，这是对我们最大的支持。

主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!凡是在社群同学，可免费获得自2021年11月份至今全部教程，教程配备事例数据和相关代码，我们会持续更新中。获得本期教程代码和数据，在后台绘图关键词：20240605。获得本期教程代码和数据，在后台绘图关键词：20240605。，自2021年11月开始做的知识分享，主要内容是。若我们的教程对你有所帮助，请。，这是对我们最大的支持。

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主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!凡事在社群同学，可免费获得自2021年11月份至今全部教程，教程配备事例数据和相关代码，我们会持续更新中。本期教程，我们提供的原文的译文，若有需求请回复关键词：20240529。，自2021年11月开始做的知识分享，主要内容是。若我们的教程对你有所帮助，请。，这是对我们最大的支持。

关于Adobe系列软件，对于大部分同学都不在陌生，在平时的工作中都需要。对于喜欢免费薅羊毛的我是非常开心的，不知道对你是否有用。系统的软件，其他软件不提供（主要我们平时也应该不会使用Linux或者其他系统作为主力军吧），也会涉及多个版本，大家下载自己喜欢的版本使用即可。，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；注意：大家回复关键词时，请输入正确关键词，一般我们都是以教程发表时间作为关键词。本教程，我们提供每个软件的下载链接，可以在后台回关键词。

使用k-Nearest Neighbors（KNN）算法来识别需要聚合的相似细胞群，然后计算这些细胞的平均或总和表达量，从而得到元细胞基因表达矩阵。值得注意的是，由于我们将hdWGCNA 视为下游数据分析步骤，因此不支持在运行 SetupForWGCNA 之后对 Seurat 对象进行子集化。相关性被提升到一个幂次，以减少相关性矩阵中存在的噪声，从而保留强连接，去除弱连接。绘制按细胞类型着色的 UMAP 图，以检查我们是否正确加载了数据，并确保我们已将细胞归入细胞群和细胞类型。，这是对我们最大的支持。

featureCounts是subread中脚本，可以使用subread流程进行定量，在这里直接使用前面mapped的bam文件进行转录本定量。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；因此，个人建议仍是获得count值，后再进一步的分析，这样的方法更利于下游分析。是stringtie软件中自带的获得转录本丰度的脚本，6.1中的。文件进行转录本表达量的比对，获得转录本的FPKM，此后使用。在网络中吗，都有比较详细的教程，大家可以自己去学习。

featureCounts是subread中脚本，可以使用subread流程进行定量，在这里直接使用前面mapped的bam文件进行转录本定量。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；因此，个人建议仍是获得count值，后再进一步的分析，这样的方法更利于下游分析。是stringtie软件中自带的获得转录本丰度的脚本，6.1中的。文件进行转录本表达量的比对，获得转录本的FPKM，此后使用。在网络中吗，都有比较详细的教程，大家可以自己去学习。

今天使用count值转化TPM，或是使用FPKM转换成TPM。这样的教程，我们在前面已经出国一起相对比较详细的教程了，一文了解Count、FPKM、RPKM、TPM | 相互间的转化，在这个教程中，我们也归纳了各个数值的含义。自己也是这样的，一个人的时间和精力是有限的，我们不可能有那么多的精力。因此，做学习笔记就有很大的帮助，当自己使用的时候有地方找寻。本教程涉及的数据、代码和文件等在社群中可获得！！