11、多相互作用RNA序列的组件匹配与关键蛋白质识别方法

多相互作用RNA序列的组件匹配与关键蛋白质识别方法

多相互作用RNA序列组件匹配

在多相互作用RNA序列的研究中，对于INTERM组件更新LLP结构以及在LLP中修剪搜索空间是重要的操作。

INTERM组件更新LLP结构

匹配INTERM组件涉及处理两个LLP结构，过程较为复杂，但能逐步修剪后续匹配所需的搜索空间。对于给定组件INT ERMj = (OBoffset, CBoffset, k, len) in pj，更新LLP结构的算法步骤如下：
1. 处理内部开闭括号：计算OBlevel = OBoffset + len - 1和CBlevel = CBoffset，它们分别是对应LLPpj和LLPpk中INT ERMj的相应级别。
2. 从LLPpj中OBlevel级别的第一个节点nodeOB开始，nodeOB到其父节点代表LLPpj中OB的一个可能子序列。
3. 将nodeOB与LLPpk中CBlevel级别的每个节点nodeCB匹配：
- 若未找到匹配，修剪nodeOB并返回步骤2。
- 若找到匹配，增加nodeCB中的引用计数器。
4. 增加CBlevel。
5. 更改nodeOB使其指向LLPpj中的直接父节点。
6. 将nodeOB与LLPpk中CBlevel级别、其父节点引用计数器非零的每个节点nodeCB匹配，并在处理完所有子节点后将该计数器重置为零，为下一次匹配做准备。匹配情况与步骤3相同。
7. 重复步骤4，直到处理完所有括号（CBlevel > CBoffset + len - 1）。
8. 处理LLPpj中的下一个子序列，使nodeOB指向LLP