利用ascp下载SRA Explorer中转录组数据

最近在windows系统里下载了MobaXterm可以远程登入服务器，处理RNA的数据，需要从NCBI数据库上下载数据。本文提供用虚拟机ubuntu或者linux系统下载Aspera的方法和问题解决，以及从NCBI上批量下载数据库、最后得到一个项目里的所有fastq文件。

Aspera下载数据巨快，100多条fastq文件几分钟就下载好了，比SRA Toolkit快很多

1.首先登入SRA-explorer官网

然后输入数据下载的项目号（PRJNA000123/SRP123456） ,我这里输入的是SRP062637

 点击Aspera commands for downloading FastQ files

 点击Copy

在linux系统中输入

vim download.sh 
##进入vim编辑器，点击i,将复制的脚步粘贴，然后退出保存:wq
#!/usr/bin/env bash
ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR217/008/SRR2176358/SRR2176358.fastq.gz . && mv SRR2176358.fastq.gz SRR2176358_RNA-seq_of_Blondee_fruit_skin_with_flesh_at_stage_I_Rep._I.fastq.gz
ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR217/001/SRR2176361/SRR2176361.fastq.gz . && mv SRR2176361.fastq.gz SRR2176361_RNA-seq_of_Kidds-D_8_fruit_skin_with_flesh_at_stage_I_Rep._I.fastq.gz
ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR217/009/SRR2176359/SRR2176359.fastq