使用Bioconductor下载GEO（Gene Expression Omnibus）上的数据

最新推荐文章于 2025-05-01 08:44:30 发布

hellobear2012

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分类专栏：科研笔记

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/hellobear2012/article/details/45604119

本文展示了如何在R中使用Bioconductor包GEOquery从Gene Expression Omnibus（GEO）下载GSE46106数据集，进行初步的数据处理，包括获取表达矩阵、加载NCBI平台注释，并对数据进行预处理。通过示例代码，解释了如何下载原始CEL文件并使用affy包进行表达值计算。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

library(GEOquery)
gset <- getGEO("GSE46106", GSEMatrix =TRUE)

Found 1 file(s)
GSE46106_series_matrix.txt.gz
trying URL 'ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE46nnn/GSE46106/matrix/GSE46106_series_matrix.txt.gz'
ftp data connection made, file length 4110183 bytes
opened URL
==================================================
downloaded 3.9 Mb

File stored at:
/var/folders/n4/11sc2xz13k56hl85z_h2rgq00000gn/T//RtmpBFQdpL/GPL570.soft

length(gset)

gset <- gset[[1]]

head(pData(gset)[,1:5])

load NCBI platform annotation

gpl <- annotation(gset)

platf <- getGEO(gpl, AnnotGPL=TRUE)

File stored at:
/var/folders/n4/11sc2xz13k56hl85z_h2rgq00000gn/T//RtmpBFQdpL/GPL570.annot.gz
There were 30 warnings (use warnings() to see them)

ncbifd <- data.frame(attr(dataTable(platf), "table"))
eset <- exprs(gset)
head(es