0050-【R系统】-解决bioconductor下载安装问题

最新推荐文章于 2025-08-15 13:03:22 发布
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本文介绍了如何通过biocLite.R脚本及BiocInstaller来安装Bioconductor上的生物信息学软件包，如DESeq2，并提供了测试安装是否成功的示例。
1. 加载biocLite.R脚本
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

这一步是使用biocLite.R脚本来安装Bioconductor的包。如果https://不行，就换成http://试试。

2.用biocLite()下载
# biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))
biocLite("DESeq2")
3. 安装BiocInstaller代替“加载biocLite.R脚本”

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocInstaller.html

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocInstaller")
4. BiocInstaller加载库的方法
library(BiocInstaller)
biocLite("DESeq2")
5. 测试安装包是否加载成功
library("DESeq2")
# 还是不能成功加载，可能是这个包的问题，没有安装成功。
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