3DSlicer实战:从零开始完成冠脉分割全流程

3D Slicer:从入门到精通(二)——入门指南 本篇文章包含开始使用3D Slicer所需的信息,包括如何安装和快速开始使用基本功能,以及在哪里找到更多信息。 阅读详情

1. 环境准备与数据导入:你的第一个3D心脏

大家好,我是老张,在医学影像处理这块摸爬滚打十来年了。今天咱们不聊那些深奥的算法原理,就手把手地带你用 3DSlicer 这个免费神器,把一堆黑白的DICOM片子,变成你能360度旋转、清晰看到每一根血管分支的3D心脏冠脉模型。整个过程,就算你完全没有编程或医学背景,跟着我的步骤走,也绝对能搞定。

首先,你得把“家伙事儿”准备好。3DSlicer 的官网直接下载安装就行,它支持Windows、macOS和Linux,对电脑配置要求不算太高,但有个独立显卡会舒服很多,这个我们后面会细说。安装过程就是一路“下一步”,没什么坑。

数据从哪里来?对于学习而言,网上有一些公开的医学影像数据集,比如“The Cancer Imaging Archive (TCIA)”里就有心脏CT数据。当然,如果你是相关专业的学生或从业者,手头可能有脱敏后的临床数据。通常,医院给你的数据是一个压缩包,解压后是一大堆 .dcm 文件,这就是DICOM格式的原始图像,每一张对应一个身体切面。

打开3DSlicer,第一眼可能会被密密麻麻的按钮吓到,别慌,咱们一步步来。找到左上角的“Welcome to Slicer”模块,点击“Load DICOM data”按钮。更常用的方法是直接拖拽:把你存放DICOM文件的整个文件夹,直接拖进3DSlicer主窗口。这时会弹出一个“DICOM浏览器”窗口。

这里有个关键点:3DSlicer会读取DICOM文件里的元信息(比如患者ID、扫描序列),并自动分组。你通常会在列表里看到一个或多个“Series”。选中你想要加载的那个序列(一般就是最大的那个,代表完整的扫描卷),然后点击右下角的“Load”按钮。数据加载的速度取决于数据量大小和你的硬盘速度,一个标准的冠状动脉CTA数据,大概几百张图像,稍等片刻就好。

加载成功后,默认界面可能只有一个大的3D视图,灰蒙蒙一片,什么也看不见。这是因为还没进行任何渲染。你需要先配置一下视图布局。看界面右上角,有一排小图标,找到那个像四个田字格的按钮(或者从菜单栏选择“View” -

医学图像可视化工具介绍(一)-3D Slicer 3D Slicer 是一个免费的开源软件平台,用于医学、生物医学和其他 3D 图像的可视化、处理、分割、配准和分析。Slicer 的功能包括:(1)读/写DICOM图像和多种其他格式;(2)三维图像、多边形网格和体积渲染的交互式可视化;(3)手动编辑和标记图像;(4)使用刚性和非刚性算法融合和共同配准数据;(5)图像自动分割;(6)跟踪图像引导程序的设备。3D Slicer可以高效的帮助用户可视化各种类型的医学图像。安装打开后可以看到主页面如下。更多信息可以参考。 阅读详情

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该步骤可以在apply之后观看三维视图,阈值不合适可以再次调整至合适为止)在三个视图中分别圈出心包的位置(注意多圈一些以免血管可能漏,鼠标右键退出圈点功能)如下图所示,可以在三维视图中对圈的范围进行调整。解决方法1:在标注之前先remove掉三维图像中的小噪点,显卡计算量减小,卡顿减轻。点击此按钮调整图像对比度(关闭标签1视图,鼠标左键上下滑动调整至合适对比度即可)在三维视图中拖拉球刷对冠脉进行标注(shift+鼠标滚轮调整球刷大小)通过三维图像观察冠脉断点,在二维图像中进行补全。

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