Minimap2 项目推荐

Minimap2 项目推荐

minimap2 A versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/minimap2

项目基础介绍和主要编程语言

Minimap2 是一个多功能的双序列比对工具，主要用于比对基因组和剪接的核苷酸序列。该项目由 Li Hang 开发，主要使用 C 语言编写，适合在 x86-64 架构的 CPU 上运行。Minimap2 的设计目标是高效、准确地处理长读长和短读长的序列比对任务。

项目核心功能

Minimap2 的核心功能包括：

1. 基因组序列比对：支持将 PacBio 或 Oxford Nanopore 的基因组读长比对到人类基因组。
2. 长读长序列重叠检测：能够找到错误率高达 15% 的长读长序列之间的重叠。
3. 剪接感知比对：支持将 PacBio Iso-Seq 或 Nanopore cDNA/Direct RNA 读长比对到参考基因组。
4. 短读长比对：支持 Illumina 单端或双端读长的比对。
5. 组装到组装的比对：支持两个紧密相关物种的全基因组比对，物种间分化率低于 15%。

项目最近更新的功能

Minimap2 最近的更新包括：

1. 支持 ARM 架构：增加了对 ARM 架构的支持，包括 32 位 ARMv7 和 64 位 ARMv8 架构。
2. SIMDe 库集成：通过 SIMDe 库，Minimap2 现在可以支持不同的 SIMD 指令集，增强了其在不同硬件平台上的兼容性和性能。
3. 性能优化：针对长读长和短读长比对任务进行了性能优化，特别是在处理高错误率的长读长序列时，比对速度和准确性都有显著提升。
4. 新预设选项：增加了新的预设选项，如 map-iclr，用于 Illumina Complete Long Reads 的比对，进一步扩展了 Minimap2 的应用场景。

通过这些更新，Minimap2 在处理复杂基因组数据时表现更加出色，成为基因组学研究中不可或缺的工具。

minimap2 A versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/minimap2