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david393的博客

原创 Genome Research | 串联重复序列比对算法RaMA

序列比对一直是序列分析中最基本的任务，可以按照一定规则对序列进行排列，得到序列之间的进化差异，帮助计算序列之间的相似性、同源性和功能结构关系。为此，本期生信算法公众号介绍的文献是电子科技大学邹权教授课题组最近的文章：Fast sequence alignment for centromeres with RaMA，2025年2月发表在Genome Research（现IF：6.2）期刊，RaMA采用寻找低频k-mer，对序列进行分割比对，最终得到理想的比对结果。可以找到序列间的比对骨架。

2025-06-13 00:03:59 1110

原创 BWA-MEM——基于BWT-FM索引的三代序列比对算法

本文介绍了三代序列比对算法BWA-MEM（基于BWT-FM索引）的主要思想

2022-10-02 15:20:16 2191

转载 GraphMap：快速的三代序列比对算法

本文介绍了三代序列比对工具GraphMap的原理

2022-10-02 15:06:56 1429

转载 smsMap：高覆盖率的三代序列比对算法-会议报告PPT

smsMap：高覆盖率的三代序列比对算法-会议报告PPT

2022-10-02 14:50:25 408

转载 LAMSA：快速高效的三代序列比对算法

本文介绍了三代序列比对工具LAMSA的原理和测试结果

2022-10-02 11:23:21 1500

转载三代序列比对算法minimap2，就是快，快，快！

本文介绍了三代序列比对工具minimap2的原理和基本使用

2022-10-02 11:03:40 5848

转载 Edlib：方便快速的长序列比对软件包

本文介绍了序列比对及其相关工具包Edlib

2022-10-02 10:52:41 1934

转载基于三代测序数据的结构变异检测，PBHoney方法解读

本文介绍了基因组的结构变异及其检测软件PBHoney的原理

2022-10-02 10:27:12 2109 1

转载 rHAT，国内首个三代序列比对算法

本文介绍了rHAT算法的主要思想，并附上结果比较和代码链接

2022-10-02 09:54:23 1382

转载三代测序序列比对利器-BLASR，更小更快更方便

本文介绍了，测序技术的发展历史和BLASR比对工具的基本使用

2022-10-02 09:32:59 3398

转载 kseq.h读取序列文件，快到想不到！

给大家介绍的就是C语言编写的一个头文件，可以快速读取序列文件，尤其是对比较大的文件，速度是相当的快。

2022-09-12 21:16:31 1018 1

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