itol.toolkit：加速iTOL交互式树形图的R包

最新推荐文章于 2025-01-09 10:12:27 发布

黎连研Shana

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CC 4.0 BY-SA版权

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/gitblog_00579/article/details/142802786

itol.toolkit：加速iTOL交互式树形图的R包

itol.toolkit Helper Functions for Interactive Tree Of Life (iTOL) 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/it/itol.toolkit

项目介绍

itol.toolkit 是一个专为 Interactive Tree Of Life (iTOL) 设计的 R 包，旨在提供一系列辅助函数，帮助用户更高效地生成和定制树形图。该包已被 iTOL 官方文档列为第三方工具，并被 RStudio 的 R Views 频道评为 2023 年 1 月 Top 40 新 CRAN 包之一。itol.toolkit 不仅支持 iTOL v6 中的所有 114 种主题和 23 种模板类型，还提供了高吞吐量的模板生成功能，极大地简化了数据可视化的流程。

项目技术分析

itol.toolkit 基于 R 语言开发，依赖于 CRAN 和 Bioconductor 的多个包。它通过提供一系列高级函数，简化了与 iTOL 的交互过程。用户可以通过简单的命令行操作，快速生成复杂的树形图模板，并将其保存为可重复使用的本地文件。此外，itol.toolkit 还支持学习已发布的模板主题，并将其应用到新的数据集中，极大地提高了数据可视化的灵活性和效率。

项目及技术应用场景

itol.toolkit 适用于需要频繁生成和定制树形图的科研人员、生物信息学家和数据分析师。无论是基因组学、系统发育学还是其他需要树形图展示的领域，itol.toolkit 都能提供强大的支持。例如，在基因组比较分析中，用户可以通过 itol.toolkit 快速生成基因家族的树形图，并添加各种注释信息，如颜色条、热图、饼图等，从而更直观地展示基因的进化关系和功能差异。

项目特点

全面支持 iTOL v6：支持所有 114 种主题和 23 种模板类型，满足各种复杂的数据可视化需求。
高吞吐量生成：通过简单的命令即可批量生成模板文件，大大提高了工作效率。
主题学习与应用：支持学习已发布的模板主题，并将其应用到新的数据集中，实现数据可视化的个性化定制。
可重复性数据保存：所有生成的模板文件均可保存为本地文件，方便后续的数据分析和报告生成。

安装与使用

itol.toolkit 的安装非常简单，推荐使用 pak 包进行自动安装，以避免依赖问题。以下是安装步骤：

install.packages("pak")
pak::pak('itol.toolkit')

对于传统安装方法，可以参考项目文档中的详细说明。

快速入门

以下是一个简单的示例，展示如何使用 itol.toolkit 生成一个树形图模板：

library(itol.toolkit)

tree <- system.file("extdata", "tree_of_itol_templates.tree", package = "itol.toolkit")
data("template_groups")
df_group <- data.frame(id = unique(template_groups$group), data = unique(template_groups$group))

hub <- create_hub(tree = tree)
unit <- create_unit(data = df_group, key = "Quickstart", type = "DATASET_COLORSTRIP", tree = tree)
hub <- hub + unit
write_hub(hub, getwd())