树节点选中状态设置_iTOL：给系统发育树添枝加叶开花！

iTOL(https://itol.embl.de/)也即Interaction Tree Of Life，是一个集系统发育树在线展示、注释与管理为一体的交互工具。绘图过程中可以随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体。iTOL最大的特点是可以同时展示不同的数据集，按照个性化的需求控制数据集的位置、大小和颜色，并允许导出高质量的位图和矢量图。

iTOL的输入文件主要包含两个部分：原始系统发育树文件(能识别Newick、Nexus、PhyloXML、Text和Jplace等格式)以及系统发育树注释文件。原始系统发育树文件根据DNA序列或者蛋白序列通过建树工具获得，注释文件模板可以从官网下载(https://itol.embl.de/help/templates.zip)，如下所示：

下载解压后内容如下所示：

不同的模板用于不同的注释方式，适合不同的数据类型，根据模板名字我们大致可以看出其注释方式，例如箱线图(boxplot)、热图(heatmap)、饼形图(piechart)、物种分布特征图(binary)、堆叠柱状图(multibar)、颜色分类(color_strip)物种相关性(connections)等

接下来，我逐步介绍原始系统发育树文件的导入与美化，以及注释文件的编辑配置。首先，在iTOL主页上方点击Upload，点击“选择文件”按钮选择系统发育树文件，然后点击下方“Upload”按钮开始上传，Tree name填写或者不填都可以，如下所示：

数据上传后，网页会跳转至进化树绘制面板界面，如下所示：

通过调整控制面板(Controls)中的参数可对进化树进行简单编辑，如调整树的性状(Display mode)、物种字体(Label font)、标签对齐(Label alignment)、标签旋转(Label rotation)、树枝粗细及颜色(Branch lines)，甚至任意旋转进化树的方向(Parameters)等。Advanced栏下还有更多编辑条目，例如是否显示Bootstrap值等，如下所示：