树节点选中状态设置_iTOL：给系统发育树添枝加叶开花！

iTOL(https://itol.embl.de/)也即Interaction Tree Of Life，是一个集系统发育树在线展示、注释与管理为一体的交互工具。绘图过程中可以随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体。iTOL最大的特点是可以同时展示不同的数据集，按照个性化的需求控制数据集的位置、大小和颜色，并允许导出高质量的位图和矢量图。

iTOL的输入文件主要包含两个部分：原始系统发育树文件(能识别Newick、Nexus、PhyloXML、Text和Jplace等格式)以及系统发育树注释文件。原始系统发育树文件根据DNA序列或者蛋白序列通过建树工具获得，注释文件模板可以从官网下载(https://itol.embl.de/help/templates.zip)，如下所示：

下载解压后内容如下所示：

不同的模板用于不同的注释方式，适合不同的数据类型，根据模板名字我们大致可以看出其注释方式，例如箱线图(boxplot)、热图(heatmap)、饼形图(piechart)、物种分布特征图(binary)、堆叠柱状图(multibar)、颜色分类(color_strip)物种相关性(connections)等

接下来，我逐步介绍原始系统发育树文件的导入与美化，以及注释文件的编辑配置。首先，在iTOL主页上方点击Upload，点击“选择文件”按钮选择系统发育树文件，然后点击下方“Upload”按钮开始上传，Tree name填写或者不填都可以，如下所示：

数据上传后，网页会跳转至进化树绘制面板界面，如下所示：

通过调整控制面板(Controls)中的参数可对进化树进行简单编辑，如调整树的性状(Display mode)、物种字体(Label font)、标签对齐(Label alignment)、标签旋转(Label rotation)、树枝粗细及颜色(Branch lines)，甚至任意旋转进化树的方向(Parameters)等。Advanced栏下还有更多编辑条目，例如是否显示Bootstrap值等，如下所示：

整棵树均为可编辑状态，用鼠标点击相应的节点或标签就可以出现编辑条目，如下所示：

可编辑的内容包括颜色(包括节点颜色与分支颜色)、分支线条类型、标签内容及格式(默认标签内容为节点名称，节点名称也即建树时序列的名字)以及Tree structure，Tree structure包括重定根(根据outgroup物种或者参考文献确定root位置)、折叠分支(不重要的分支可以合并展示)。

接下来我们着重阐述注释信息的添加。首先我们以修改标签内容的模板labels_template.txt为例，空白未修改的模板如下所示：

模板文件我们推荐使用软件Notepad++打开并编辑。

模板最前面写明了其用途(use this template to change the leaf labels)，下面为模板的设置，每一个设置条目也都有详细的英文说明。强制设置的条目(MANDATORY SETTINGS)里面有分隔符的设置，可以选择制表符tab、空格、逗号，绝大多数情况下我们倾向于选择制表符，那样Excel中的数据可以直接复制粘贴到里面。你选择哪一种分隔符，就把该条目前面的“#”去掉，且保证另外两项前面都要有“#”。下面即为数据添加位置，模板中给出了示例，我们可以在Excel中编辑并直接粘贴到Notepad++中，编辑好之后如下所示：

现在返回浏览器的iTOL页面，在右下角有一个“+”按钮，点击就可以上传刚才编辑好的注释文档，如下所示：

树的修改效果如下所示：

可以看到标签内容已被修改，但是节点名字仍是不变的，接下来添加各种内容仍需基于原来的节点名字。接下来，我们可以添加物种的属性标记，使用dataset_symbols_template.txt模板，如下所示：

DATASET_SYMBOL#Symbol datasets allow the display of various symbols on the branches of the tree. For each node, one or more symbols can be defined.#Each symbol's color, size and position along the branch can be specified.#lines starting with a hash are comments and ignored during parsing#=================================================================##                    MANDATORY SETTINGS                           ##=================================================================##select the separator which is used to delimit the data below (TAB,SPACE or COMMA).This separator must be used throughout this file (except in the SEPARATOR line, which uses space).SEPARATOR TAB#SEPARATOR SPACE#SEPARATOR COMMA#label is used in the legend table (can be changed later)DATASET_LABEL  Property#dataset color (can be changed later)COLOR  #104E8B#=================================================================##                    OPTIONAL SETTINGS                            ##=================================================================##each dataset can have a legend, which is defined below#for each row in the legend, there should be one shape, color and label#shape should be a number between 1 and 6:#1: square#2: circle#3: star#4: right pointing triangle#5: left pointing triangle#6: checkmarkLEGEND_TITLE  Sample propertyLEGEND_SHAPES  2  2  2LEGEND_COLORS  #00B2EE  #8B6914  #C4C4C4LEGEND_LABELS  Freshwater  Terrestrial  Other#=================================================================##     all other optional settings can be set or changed later     ##           in the web interface (under 'Datasets' tab)           ##=================================================================##largest symbol will be displayed with this size, others will be proportionally smaller.MAXIMUM_SIZE  50#Internal tree nodes can be specified using IDs directly, or using the 'last common ancestor' method described in iTOL help pages#=================================================================##       Actual data follows after the "DATA" keyword              ##=================================================================##the following fields are required for each node:#ID,symbol,size,color,fill,position,label#symbol should be a number between 1 and 5:#1: rectangle#2: circle#3: star#4: right pointing triangle#5: left pointing triangle#6: checkmark#size can be any number. Maximum size in the dataset will be displayed using MAXIMUM_SIZE, while others will be proportionally smaller#color can be in hexadecimal, RGB or RGBA notation. If RGB or RGBA are used, dataset SEPARATOR cannot be comma.#fill can be 1 or 0. If set to 0, only the outline of the symbol will be displayed.#position is a number between 0 and 1 and defines the position of the symbol on the branch (for example, position 0 is exactly at the start of node branch, position 0.5 is in the middle, and position 1 is at the end)DATA#Examples#internal node will have a red filled circle in the middle of the branch#9606|184922,2,10,#ff0000,1,0.5#node 100379 will have a blue star outline at the start of the branch, half the size of the circle defined above (size is 5 compared to 10 above)#100379,3,5,#0000ff,0,0#node 100379 will also have a filled green rectangle in the middle of the branch, same size as the circle defined above (size is 10)#100379,1,10,#00ff00,1,0.5S1005  2  50  #00B2EE  1  1S1023  2  50  #00B2EE  1  1S1026  2  50  #00B2EE  1  1S1027  2  50  #00B2EE  1  1S1028  2  50  #00B2EE  1  1S1038  2  50  #00B2EE  1  1

这个需要设置的就多了，包括符号位置、形状、颜色、大小等，上面都有详细解释，注释效果如下所示：

这时候在Controls框的Datasets中就可以看到刚刚上传的数据集，如果对刚才注释文件的设置不满意这时候也可以调整各种参数，同时还出现了一个Datasets框，用于显示已经上传的注释数据集，点击其右边的设置按钮就可以编辑改数据集信息。还可以使用dataset_external_shapes_template.txt添加外部符号，如下所示：

使用colors_styles_template.txt设置标签的背景颜色：

使用dataset_color_strip_template.txt添加彩色条带：

使用dataset_heatmap_template.txt添加热图：

使用dataset_simplebar_template.txt添加条形图：

绘制完成后，在Controls框的Export栏下输出图像，推荐SVG和PDF两种格式，如下所示：

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